[发明专利]NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增的方法

说明书

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增的方法，所述NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增的PCR反应程序为：98℃下反应10分钟；然后进行9个循环：98℃反应30秒，66℃反应15秒，每个循环下降1℃，72℃下反应4分钟；接着是30个循环：98℃反应30秒，58℃反应15秒，72℃反应4分钟；最后延伸步骤72℃，10分钟；上述PCR反应程序大大缩短了PCR时间，将总时间从10个小时缩短至4.5小时，且可重复性高、使用方便、成本略低，极大地提高了RP‑PCR技术在NIID疾病临床基因诊断的应用性，能够满足大规模样品的扩增。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增的方法、试剂盒及用途。

背景技术

神经元核内包涵体病(neuronal intranuclear inclusion disease，NIID)是一种罕见的神经退行性疾病，以中枢和周围神经系统，以及多器官组织内的嗜酸性透明包涵体为特征。包涵体主要分布于中枢神经系统、周围神经系统以及非神经组织，在中枢神经系统中广泛存在于大脑皮质、基底节区、脑干、小脑和脊髓的神经元和星形胶质细胞中，在周围神经系统中存在于交感神经节、背根神经节、肠肌丛神经节、施旺氏细胞，在非神经组织中为除骨骼肌、肝细胞外的很多体细胞。由于NIID属于异质性疾病，临床症状多变，无特异性，使得医生难以诊断。

国外实验室的两篇《Nature Genetics》文章，以及国内湘雅医院《AmericanJournal of Human Genetics》，和申请人已经发表的《Journal of medical genetics》文章相继揭示了神经元核内包涵体病致病机制与NOTCH2NLC基因中GGC异常重复扩增相关。四篇文章中，都运用了重复引物PCR技术(RP-PCR)对致病基因NOTCH2NLC的GGC重复扩增进行检测和验证，证明可以通过RP-PCR的方法对该致病基因进行验证，可用于NIID疾病的临床基因诊断。

然而在上述4篇文章中使用的RP-PCR技术均存在一些缺陷，分别有：扩增时间长，效率低，重复性不高、使用成本略高的缺陷，如日本团队Sone等的RP-PCR技术中，其扩增程序所用的总时间为10个小时，效率低，可重复性低，且成本略高，不能满足大规模样品的扩增，难以广泛的应用于NIID疾病临床基因诊断。申请人发表的文章(Deng et al.,Journalof medical genetics.2019)所使用技术改良自Sone等研究团队的技术，也存在扩增时间长，效率低等问题。因此，本发明在已发表文章基础上对RP-PCR的扩增条件进行了优化，把扩增时间缩减到4.5小时，并大大的提高了效率，方便使用于NIID的临床基因诊断。

发明内容

因此，本发明要解决的技术问题在于克服现有技术中的NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增时间长、效率低，不能满足大规模样品的扩增，难以广泛的应用于NIID疾病临床基因诊断的缺陷，从而提供一种NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增的方法、试剂盒及用途，NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增时间短、效率高，能够满足大规模样品的扩增。

为此，本发明提供了如下的技术方案：

一种NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增的方法，包括所述NOTCH2NLC基因GGC重复序列扩增的PCR反应程序为：98℃下反应10分钟；然后进行9个循环：98℃反应30秒，66℃反应15秒，每个循环下降1℃，72℃下反应4分钟；接着是30个循环：98℃反应30秒，58℃反应15秒，72℃反应4分钟；最后延伸步骤72℃，10分钟。

在所述的方法中，所有循环步骤的变温速率为1℃/秒。

在所述的方法中，还包括NOTCH2NLC基因GGC重复序列的PCR扩增反应体系：

Prime STAR GXL DNA聚合酶，0.25U；

5×PrimeSTAR GXL缓冲液，浓度为1x；