[发明专利]一种检测DNA中的单链断裂的方法

权利要求书

1.一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，包括如下步骤：

1）对待测DNA采用微球菌核酸酶—MNase进行片段化并产生3’-磷酸末端和3’-OH末端，该3’-磷酸末端不能被加尾；

2）对片段化的待测DNA的3’-OH末端进行第一次加尾；

3）对第一次加尾后的样品通过以下步骤捕获和识别全基因组中DNA单链断裂—SSBs的位置：

首先，使用5’-DNA-RNA-3’ 嵌合引物对加尾后的片段进行线性扩增；

其次，对扩增产物的3’末端进行第二次加尾；所述的第一次加尾和第二次加尾所用的碱基不互补；

最后， 目标产物通过包含接头序列的寡核苷酸进行PCR扩增建库并进行二代测序；

4）通过测序结果确定SSBs位置。

2.根据权利要求1所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，其特征在于：步骤1）所述的片段化后的产物长度范围为150-500碱基对。

3.根据权利要求1所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，其特征在于：所述的5’-DNA-RNA-3’嵌合引物，能在所使用的反应条件下退火结合至第一次加尾上。

4.根据权利要求1所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，其特征在于：步骤3）第二次加尾，使用dCTP加尾时长度范围为10-100碱基。

5.根据权利要求1所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，其特征在于：所述的接头序列为包括Illumina在内的二代测序系统所用的接头序列。

6.根据权利要求1所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，其特征在于：步骤4）通过序列分析确定SSBs位置，包括：

（1）筛选出符合以下要求的双端原始序列：序列1以第二次加尾碱基互补和数量对应的碱基开头，序列2以第一次加尾碱基互补和数量对应的碱基开头；

（2）筛选出的序列比对待测生物体的基因数据库；只保留序列1和序列2都能够特异性比对到合适的结构和间隔的成对序列；

（3）在比对出的序列中，去除其序列2中5’端前15-25bp的T碱基含量40%的成对序列，SSB位点被定义为序列2中引物的对应数量碱基后的第一个碱基。

7.根据权利要求6所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，其特征在于：步骤（3）中，去除其序列2中5’端前20bp的T碱基含量40%的成对序列。

8.根据权利要求6所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法，其特征在于：SSB位点被定义为序列2中12个T后的第一个碱基。

9.根据权利要求1至8任一项所述的一种非疾病诊断目的的检测DNA中的单链断裂的方法在双链断裂检测的非诊断目的用途。