[发明专利]桃果实低酸或酸性状相关的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明提供一种通过SNP分子标记检测桃果实酸性状的方法，所述标记位点来自桃长链脂肪醇脱氢酶(PpFAO4A,Prupe.5G013900)基因，其编码核苷酸序列(Coding Sequence,CDS)的第1827位的碱基为A或者G。本发明的方法可用于桃果实低酸风味的早期预测和品种资源的鉴定，还可用于栽培桃遗传背景分析及筛选，以及桃优异单株的选育，具有广阔的应用前景。

技术领域

本发明涉及植物分子生物学，生物信息学和植物分子育种领域，具体涉及与桃果实低酸或酸风味相关的SNP分子标记及其应用。

背景技术

桃(Prunuspercica)，蔷薇科李属，广泛生长于温带和亚热带地区，是世界五大果木类作物之一，具有很高的经济价值。我国是世界最大的桃生产国，但仍然存在着果实品质差、经济效益不高等问题。品质是商品果类的核心，风味是果实重要的内在品质，而有机酸是影响果实风味的主要因素。一般来说，低酸风味的桃口感更佳，与消费者接受度呈正相关，因此培育低酸风味的新品种是现代桃育种的主要目标之一，而开发与低酸风味相关的分子标记就显得尤为重要且迫切。研究表明，桃果实低酸性状主要由位于5号染色体前端的D位点控制(Dirlewanger,E.,et al.,Genetic linkage map of peach[Prunus persica(L.)Batsch]using morphological and molecular markers.Theoretical and AppliedGenetics,1998.97(5-6):p.888-895.)。

近20年来，科学家们利用各类分子标记构建遗传图谱，并开发了一些与低酸性状连锁的分子标记，如：SSR(Simple Sequence Repeats)分子标记CPPCT040(Eduardo,I.,etal.,Development of diagnostic markers for selection of the subacid trait inpeach.Tree GeneticsGenomes,2014.6(10):p.1695-1709.)，检测效率约为97.5％。随着第三代分子标记SNP(Simple Nucleotide Polymorphisms)技术的迅猛发展，近年来也发表了很多与低酸性状相关的SNP分子标记，分别位于5号染色体上的541,075bp(Wang,Q.,etal.,DNA marker-assisted evaluation of fruit acidity in diverse peach(Prunuspersica)germplasm.Euphytica,2016.210(3):p.413-426.)、764,830bp(Cao,K.,et al.,Genome-wide association study of 12 agronomic traits in peach.NatureCommunications,2016.7:p.13246.)、821,372bp(蒋俊硕士学位论文，桃高密度SNP图谱构建与果实质地和酸度全基因组关联分析，2016)、996,915bp和10,341,037bp(Cao,K.,etal.,Genome-wide association study of 12agronomic traits in peach.NatureCommunications,2016.7:p.13246.)等。与SSR标记相比，这些SNP标记具有数据统计简单、准确、检测方法灵活多样，易实现自动化等优势。随着生物技术手段的迅猛发展，针对不同样本量、不同标记位点数都已开发出相应的检测方案，其中，KASP(Kompetitive AlleleSpecific PCR，竞争性等位基因特异性PCR)是一种可以对基因组DNA的SNP和InDel的双等位基因进行精准分型的技术，尤为适合少量位点、大群体样本的分子检测。

低酸风味是个复杂的性状，受多种因素影响，因此需要开发更多的分子标记对果实风味进行综合评判可提升对该性状预测的准确性。

发明内容

本发明的目的在于提升对桃果实低酸性的性状预测和判断的准确性，因而提供一个与桃果实低酸风味相关的SNP分子标记及其在分子育种中的应用。