[发明专利]一种与马氏珠母贝生长性状相关的EGFR基因SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种与马氏珠母贝生长性状相关的EGFR基因SNP分子标记及其应用，属于分子标记辅助育种技术领域；该位点对应于马氏珠母贝微管蛋白EGFR基因位点，此处碱基为C或T。本发明SNP标记与马氏珠母贝生长性状(壳高、壳宽与壳重)显著关联，是一个新的分子标记，通过确定待测马氏珠母贝SNP位点基因型，从而对马氏珠母贝生长性状进行早期选育，缩短育种周期，提高遗传进展，节省生产成本，具有明显的经济效益与社会效益。

技术领域

本发明公开了一种与马氏珠母贝生长性状相关的EGFR基因SNP分子标记及其应用，属于分子标记辅助育种技术领域。

背景技术

表皮生长因子受体(Epithelial growth factor receptor，EGFR)是一种具有酪氨酸蛋白激酶活性的膜表面受体，对细胞的生长、增殖、分化、移行、粘附以及机体的发育等起着重要的调节作用。EGFR与配体(表皮生长因子、转化生长因子a、双调蛋白等)结合后将细胞外刺激信号传入细胞内，并启动一系列的级联反应，最终调节细胞的行为。马氏贝EGFR基因的cDNA全长4934bp，开放阅读框(ORF)4269bp，编码1422个氨基酸。预测的EGFR蛋白由N端的细胞外区(1-803aa)、跨膜区(804-826aa)和C端的细胞内区(927-1422aa)三部分组成。

马氏珠母贝主要生产有核珍珠，于上世纪90年代达到产业高峰，养殖面积近30万亩，年产珍珠20万吨左右，未加工的初级产品产值超过2亿元。南珠因为珍珠品质优良而闻名世界。然而，近几年马氏珠母贝的养殖规模不断缩小，马氏珠母贝珍珠质量与产量明显下降，马氏珠母贝珍珠产业陷入了低迷。影响南珠产业衰退的因素中，马氏珠贝种质退化是一个不可忽视的原因。随着人类活动对海洋环境影响的加剧，马氏珠母贝的的野生群体变得越来越小，同时由于生产一线人员在苗种培育方面缺乏基本的育种理论，造成长期近交衰退，另外，科研人员引种进行杂交育种或从杂交后代中进行选择育种时，造成品种混杂。直接造成马氏珠母贝生长速度慢，抗逆性差，珍珠质分泌能力差，进而造成养殖周期长和珍珠品质差的严重后果。因此，培育适合海区养殖新品种，能促进珍珠产业健康可持续发展。

分子标记辅助育种是借助与性状紧密相关的分子标记对具有性状优势的等位基因或基因型的个体进行直接选择育种,是分子生物学和基因组学的研究结果应用到水产养殖品种选育的技术。由于基因/标记代表性状的遗传基础,因此这项技术被誉为从传统表型选择亲本提升到根据基因型选择亲本的革命性的技术进步。马氏珠母贝生长性状由多基因控制，筛选决定生长性状关键基因，进行候选基因的关联分析，获得与性状直接关联的标记或基因型，提高选择准确性，降低育种成本。

发明内容

本发明提供了一种与马氏珠母贝生长性状相关的EGFR基因SNP分子标记及其应用，可通过确定待测马氏珠母贝SNP位点的基因型，从而对马氏珠母贝生长性状(壳高、壳长、壳宽与壳重)进行早期选育，不会受到马氏珠母贝贝龄限制，可有效用于马氏珠母贝的早期选育，缩短选育进程。

本发明所采取的技术方案是：

一种与马氏珠母贝生长性状相关的EGFR基因SNP分子标记，所述的SNP标记位于马氏珠母贝EGFR基因C21636T位点，此处碱基为C或T；

所述SNP分子标记在马氏珠母贝早期选育中的应用；

一种马氏珠母贝壳型性状早期选育的方法，根据马氏珠母贝EGFR基因C21636T位点基因型对马氏珠母贝生长性状进行早期选育，包括如下步骤：

(1)提取待测马氏珠母贝的基因组DNA；

(2)设计特异性扩增含有马氏珠母贝EGFR基因C21636T位点的基因片段的引物对；

(3)以步骤(2)设计的引物对马氏珠母贝基因组DNA进行PCR扩增，检测扩增所得基因片段的SNP位点的基因型；

(4)基于SNP位点的基因型对马氏珠母贝壳型性状进行早期选育；