[发明专利]基于化学标记的修饰核苷的测序、富集和检测方法有效
| 申请号： | 201910601133.7 | 申请日： | 2019-07-04 |
| 公开（公告）号： | CN112176043B | 公开（公告）日： | 2022-07-12 |
| 发明（设计）人： | 贾桂芳;王烨;董舜卿 | 申请（专利权）人： | 北京大学 |
| 主分类号： | C12Q1/6869 | 分类号： | C12Q1/6869;C12Q1/6886;C07H21/02;C07H1/00 |
| 代理公司： | 北京柏杉松知识产权代理事务所(普通合伙) 11413 | 代理人： | 张函;王春伟 |
| 地址： | 100871*** | 国省代码： | 北京;11 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 基于 化学 标记 修饰 核苷 富集 检测 方法 | ||
1.一种基于化学标记的m6A测序方法，其包括以下步骤：
（a1）用FTO处理含有RNA和/或DNA的样品，其中在所述RNA和/或DNA中存在m6A的情况下，使m6A转化为hm6A；
（b1）加入巯基化合物，其中所述hm6A与所述巯基化合物反应生成dm6A；
（c1）加入MTSEA-生物素，与所述dm6A反应，得到生物素化的RNA和/或DNA；
（d1）用链霉亲和素富集所述生物素化的RNA和/或DNA；
（e1）洗脱并回收所述生物素化的RNA和/或DNA，建立文库，并进行高通量测序，以确定所述RNA和/或DNA中的m6A位点；
其中，所述FTO以FTO氧化体系提供，所述FTO氧化体系中所述FTO的浓度为0.01-2 µM；
其中，用所述FTO处理所述含有RNA和/或DNA的样品1-30分钟；
其中，所述hm6A与所述巯基化合物在pH为2-7且在25-40℃下反应1-5小时；
其中，所述巯基化合物与所述RNA和/或DNA的摩尔比为100000:1-100:1；
其中，所述MTSEA-生物素以生物素标记体系提供，MTSEA-生物素在所述生物素标记体系中的浓度为0.01-1mM；
其中，所述巯基化合物为。
2.一种基于化学标记的含m6A的RNA的富集方法，其包括以下步骤：
（a2）用FTO处理含有RNA和/或DNA的样品，在所述RNA和/或DNA中存在m6A的情况下，使m6A转化为hm6A；
（b2）加入巯基化合物，其中所述hm6A与所述巯基化合物反应生成dm6A；
（c2）加入MTSEA-生物素，与所述dm6A反应，得到生物素化的RNA和/或DNA；
（d2）用链霉亲和素富集所述生物素化的RNA和/或DNA；
其中，所述FTO以FTO氧化体系提供，所述FTO氧化体系中所述FTO的浓度为0.01-2 µM；
其中，用所述FTO处理所述含有RNA和/或DNA的样品1-30分钟；
其中，所述hm6A与所述巯基化合物在pH为2-7且在25-40℃下反应1-5小时；
其中，所述巯基化合物与所述RNA和/或DNA的摩尔比为100000:1-100:1；
其中，所述MTSEA-生物素以生物素标记体系提供，MTSEA-生物素在所述生物素标记体系中的浓度为0.01-1mM；
其中，所述巯基化合物为。
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