[发明专利]与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记及其应用和获取方法

说明书

本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记及其应用和获取方法，本发明通过全基因组关联分析(wssGWAS)分析法对公猪精子的直线运动性状进行分析，获得关于公猪精子直线运动相关分子遗传标记3个，分别位于猪的15号染色体136112947bp位置，为一个T>C突变；猪第3号染色体的第18505448bp位置，为一个A>G突变；猪第11号染色体的第63272581bp位置，为一个C>T突变；利用本方法分析与公猪精子直线运动能力简单、高效、快速。

【技术领域】

本发明涉及分子标记技术领域，特别涉及与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记及其应用和获取方法。

【背景技术】

近年来，随着养猪业的规模化、集约化发展，遗传改良对于生产效益的影响越来越大。在过去的几十年里，越来越多的猪场使用鲜精进行人工授精。因此，人工授精已在猪生产高度集约化的国家成为一种强有力的工具。每剂精液的受精能力与其精子质量密切相关，所以输精之前对精液进行检测是必不可少的。传统的精液质量分析方法，如光学显微镜下的检查分析，很方便快捷且很便宜。传统的精液质量检测参数只能粗略地了解到被检精液的生育潜力。更精细的方法才能更好地阐明优良的种公猪及其高质量精液之间在精液质量方面的细微差别。

直线前进运动精子数是指每毫升精液中呈直线运动的精子数量(亿/mL)，按照直线前进运动精子数＝测定值×活力。国内外许多学者认为，精子直线运动速度、精子平均路径速度等与精子迁移率密切相，因此测定猪的精子直线运动能力有助于客观评价公猪的精液质量。

随着分子数量遗传学的发展，关联分析成为研究功能候选基因的一种可靠方法，即利用候选基因多态性与能够说明某一性状的指标建立相关模型进行统计分析，从而找到显著影响某一性状的分子标记。因此，研究新的基因SNP标记与猪精液直线运动能力的关系，为猪的精液品质提供新的标记资源对猪的遗传育种有着重大意义。

基于覆盖全基因组的高密度SNP数据和大群体的性状表型记录，可通过全基因组关联分析技术(GWAS)准确定位控制性状的候选基因。尽管该技术仍然存在一些缺陷，其已被广泛应用于人类复杂疾病候选基因挖掘和畜禽重要经济性状关键基因的定位。经典的GWAS一般基于Plink等软件对所有标记逐个进行单标记回归分析，继而设定一个显著阈值来筛选显著位点。这类方法往往面临计算强度大、过高估计标记效应、显著性阈值设定不合理等问题。为了进一步提高GWAS的效率，有必要对GWAS法进行改进，提高筛选分子标记的准确率和效率。

【发明内容】

鉴于上述内容，有必要提供与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记及其应用和获取方法，该分子遗传标记位于猪的15号染色体136112947bp位置；为T>C突变和/或位于猪第3号染色体的第18505448bp位置为A>G突变和/或位于猪的11号染色体63272581bp位置；为C>T突变根据该突变可设计出用于扩增该分子标记的引物和鉴定分子标记的探针；进而应用于筛选具有高精子直线运动的公猪，从而将其应用于猪的人工授精；本申请利用一步法全基因组关联分析法进行分析，能有效提高筛选分子标记的准确率和效率。

为达到上述目的，本发明所采用的技术方案是：

本发明的猪基因组序列参考国际猪基因组10.2版本参考序列：

与公猪精子直线运动相关的分子遗传标记，所述的分子遗传标记至少包括以下标记之一：

标记一：位于猪第15号染色体的第136112947位核苷酸位点，该位点的碱基为C或T，对应核苷酸序列表SEQ ID NO.1的第101位碱基；申请人将该遗传标记位点命名为：H3GA0045612。

标记二：位于猪第3号染色体的第18505448位核苷酸位点，该位点的碱基序列为A或G，对应核苷酸序列表SEQ ID NO.2的第101位碱基。申请人将该遗传标记位点命名为：MARC0113856。