[发明专利]一种短串联重复序列通用探针及其设计方法和应用在审
| 申请号： | 201910559128.4 | 申请日： | 2019-06-26 |
| 公开（公告）号： | CN110343757A | 公开（公告）日： | 2019-10-18 |
| 发明（设计）人： | 朱海涛;李旭新;夏江 | 申请（专利权）人： | 领航基因科技（杭州）有限公司 |
| 主分类号： | C12Q1/6883 | 分类号： | C12Q1/6883;C12Q1/6858;C12N15/11 |
| 代理公司： | 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245 | 代理人： | 陆惠中;田欢 |
| 地址： | 310000 浙江省杭州市江*** | 国省代码： | 浙江;33 |
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| 摘要： | |||
| 搜索关键词： | 通用探针 短串联重复序列 染色体拷贝 极低浓度样品 单拷贝基因 等比例放大 多对引物 非特异性 骨架序列 合成成本 体外诊断 无创检测 引物设计 应用试剂 基因组 拷贝数 检测 个位 染色体 扩增 探针 放大 应用 | ||
1.一种用于数字PCR的探针，其特征在于，所述探针的序列采用短串联重复序列作为骨架序列，所述短串联重复序列按照重复基序区分，包括单一型(用结构式(X)n表示)、复合型(用结构式(X)n(Y)m表示)和间断型(用结构式(X)n Z(Y)m表示)，其中X为A、C、G、T四种碱基中的一种或2-6个碱基组合，Y为A、C、G、T四种碱基中不同于X的一种或2-6个碱基组合，Z为A、C、G、T四种碱基中不同于X和Y的一种或多个碱基的组合，n和m为重复的单元数。
2.根据权利要求1所述的探针，其特征在于，所述探针的长度为8-40bp；探针的5’端标记荧光报告基团，探针的3’端标记荧光淬灭基团。
3.根据权利要求2所述的探针，其特征在于，所述荧光报告基团为FAM、VIC、ROX或CY5，所述荧光淬灭基团为MGB。
4.根据权利要求1所述的探针，所述探针为探针1、探针2、探针3或探针4，其核苷酸序列分别为SEQ NO：1、SEQ NO：2、SEQ NO：3和SEQ NO：4所示。
5.一种可同时检测基因组多个位点的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒包括权利要求1-4中任意一项所述的探针。
6.根据权利要求5所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括引物组和PCR反应液。
7.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述引物组的序列设计于短串联重复序列的上下游，引物组长度为12-40bp，GC含量为30-80％。
8.根据权利要求7所述的试剂盒，其特征在于，所述引物组的核苷酸序列分别如SEQNO：5和SEQ NO：6，或SEQ NO：7和SEQ NO：8，或SEQ NO：9和SEQ NO：10，或SEQ NO：11和SEQNO：12，或SEQ NO：13和SEQ NO：14，或SEQ NO：15和SEQ NO：16所示。
9.根据权利要求6所述的试剂盒，其特征在于，所述PCR反应液包括水、三羟甲基氨基甲烷、氯化钾、氯化镁、脱氧核糖核苷三磷酸和DNA聚合酶。
10.权利要求1-4中任意一项所述探针或权利要求5-9中任意一项所述试剂盒在无创检测染色体拷贝数是否发生变异中的应用。
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