[发明专利]甘蔗属割手密特异序列及其鉴定方法

说明书

本发明提供了甘蔗割手密特异序列及其分子标记，利用软件blast将甘蔗热带种LA Purple与割手密AP85‑441的DNA序列进行对比，得到6条割手密特异DNA序列，根据这6条序列分别设计引物，并用CTAB法提取2个热带种和15个割手密的基因组DNA，并用6对引物分别对基因组DNA进行PCR扩增，结果显示，这6对引物能够区分出热带种与割手密，且条带清晰明亮，本发明有利于甘蔗杂交品种鉴定研究。

技术领域

本发明涉及生物信息学与分子生物学领域，具体涉及甘蔗属割手密特异序列及其鉴定方法。

背景技术

割手密是甘蔗细茎野生种，其种类丰富，分布广泛，宿根性、抗逆性强，是甘蔗育种中贡献最大的资源之一。在甘蔗育种中，种质资源基因库的基因型及有用基因的高效利用与科学管理非常关键，在提高甘蔗基因库的遗传多样性的同时，拟定针对具有不同基因型遗传背景甘蔗亲本的杂交育种计划，这对拓宽甘蔗遗传基础、扩大杂种优势有重大的现实意义。因此，割手密遗传多样性的研究对甘蔗优良品种的选育具有重要意义。

分子标记是以个体间遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记，是DNA水平遗传多态性的直接的反映。DNA分子标记的优越性在于在生物发育的不同阶段，不同组织的DNA都可用于标记分析，表现为中性，不影响目标性状的表达，与不良性状无连锁，检测手段简单、迅速。随着分子生物学技术的发展，DNA分子标记技术已有数十种，广泛应用于遗传育种、基因组作图、基因定位、物种亲缘关系鉴别、基因库构建、基因克隆等方面。

目前大部分甘蔗品种都是近亲繁殖，血缘相近，后代优良率极低，所选育的新品种不论在产量、糖分，还是在抗性方面都难有突破。将甘蔗近缘属的抗逆耐瘠性强、适应性广等优良性状，通过近缘属、远缘属间进行杂交应用到高贵化育种中已经势在必行。由于杂交种种类很多，其中种间杂交就包括有热带种、割手密、中国种、印度种和大茎野生种。但是现在目前还没有的方法可以快速鉴别杂交种是否含有割手密血缘，因此有必要开发快速鉴定割手密血缘的特异分子标记，将有利于割手密种质资源的开发利用。本发明利用割手密和热带种基因组数据进行对比分析得到了6条割手密特异序列，且根据这6条序列设计了引物，通过PCR扩增及琼脂糖凝胶电泳验证，明确了这些引物仅在割手密基因组DNA中可扩增出明亮清晰的条带。

发明内容

本发明的目的是发掘甘蔗属割手密特异序列，并用于鉴别杂交种中是否含有割手密血缘，将为甘蔗等复杂多倍体植物染色体研究提供一种经济而高效的鉴定方法。

为实现上述目的，本发明采用如下技术方案：

甘蔗属割手密特异序列，所述序列根据割手密和热带种基因组对比数据分析得到，名称分别为：序列1C、序列2C-1、序列2C-2、序列5D、序列6D、序列7C，其核苷酸序列分别为SEQ ID NO.1-7所示。

所述序列1C的引物序列为：

上游引物：5' GCGGATGGTTTCTCTTAGGTTC 3'；

下游引物：5' TAATGGCGTTAGGGAGTGGTTG 3'；

所述序列2C-1的引物序列为：

上游引物：5' ATCACGAGAATCGGAAAGGAAT 3'；

下游引物：5' AGGAAGAGTGGAAGATGAAAGC 3'；

所述序列2C-2的引物序列为：

上游引物：5' TCCAAGCCAAACCAGACAGAGC 3'；

下游引物：5' TAAACGCCAGCCAACTAAAACA 3'；

所述序列5D的引物序列为：

上游引物：5' AGTTGACCTCTCGGAATCCATCG 3'；