[发明专利]一种基于转录组测序开发山茶属植物SSR引物的方法

权利要求书

1.一种基于转录组序列开发的山茶属植物标记引物对，其特征在于所述引物对共38对，分别为：如SEQ ID NO.1-2所示、如SEQ ID NO.3-4所示、如SEQ ID NO.5-6所示、如SEQID NO.7-8所示、如SEQ ID NO.9-10所示、如SEQ ID NO.11-12所示、如SEQ ID NO.13-14所示、如SEQ ID NO.15-16所示、如SEQ ID NO.17-18所示、如SEQ ID NO.19-20所示、如SEQ IDNO.21-22所示、如SEQ ID NO.23-24所示、如SEQ ID NO.25-26所示、如SEQ ID NO.27-28所示、如SEQ ID NO.29-30所示、如SEQ ID NO.31-32所示、如SEQ ID NO.33-34所示、如SEQ IDNO.35-36所示、如SEQ ID NO.37-38所示、如SEQ ID NO.39-40所示、如SEQ ID NO.41-42所示、如SEQ ID NO.43-44所示、如SEQ ID NO.45-46所示、如SEQ ID NO.47-48所示、如SEQ IDNO.49-50所示、如SEQ ID NO.51-52所示、如SEQ ID NO.53-54所示、如SEQ ID NO.55-56所示、如SEQ ID NO.57-58所示、如SEQ ID NO.59-60所示、如SEQ ID NO.61-62所示、如SEQ IDNO.63-64所示、如SEQ ID NO.65-66所示、如SEQ ID NO.67-68所示、如SEQ ID NO.69-70所示、如SEQ ID NO.71-72所示、如SEQ ID NO.73-74所示、如SEQ ID NO.75-76所示。

2.根据权利要求1所述的基于转录组序列开发的山茶属植物标记引物对的筛选方法，其特征在于通过以下步骤得到：

(1)以茶树叶片为材料进行cDNA库的构建和illumina测序，经过滤和从头组装后获得转录组数据；

(2)使用MISA、SSR Hunter软件对茶树转录组数据进行单碱基重复SSR、双碱基重复SSR、三碱基重复SSR、四碱基重复SSR、五碱基重复SSR、六碱基重复和复合类型SSR位点搜索；

(3)使用Primer 3.0进行引物设计，引物设计的区域为SSR位点的侧翼序列；

(4)SSR引物的多态性筛选，使用植物基因组DNA提取试剂盒完成样品基因组DNA的提取，以此为模板进行PCR扩增，琼脂糖凝胶电泳检测能否有效扩增，毛细管电泳检测是否具多态性；所述SSR引物序列如SEQ ID NO.1-76所示。

3.根据权利要求2所述的基于转录组序列开发的山茶属植物标记引物对的筛选方法，其特征在于步骤(2)：筛选的相关参数为：重复元件碱基数≤6，各元件的重复次数分别为单核苷酸≥10，二核苷酸≥6，其他核苷酸元件重复的次数≥5。

4.根据权利要求2所述的基于转录组序列开发的山茶属植物标记引物对的筛选方法，其特征在于步骤(3)：SSR引物设计的相关参数如下：序列的长度区间为18～27bp，上下游Tm值不应差别过大，退火温度保持在50～60℃之间，PCR产物大小200bp左右；GC含量为50±10%，且无二级结构和二聚体。