[发明专利]用单核苷酸多态性标记识别动物个体的方法

说明书

本发明涉及一种使用单核苷酸多态性(SNP)标记识别动物个体的方法，具体来说是一种使用单核苷酸多态性(SNP)标记识别犬类个体的方法。使用本发明提供的SNP标记和它们的组合可以准确地将检测对象个体(狗)和其他个体(狗)区分开来，因此可十分有效地应用于狗的个体识别和过往史管理。

技术领域

本发明涉及一种使用单核苷酸多态性(SNP)标记识别动物个体的方法，具体来说是一种使用单核苷酸多态性(SNP)标记识别犬类个体的方法。

背景技术

工业和经济的快速增长引起了大大小小的社会/心理问题。为了缓解这种压力、焦虑和抑郁症，养宠物的家庭越来越多，包括宠物饲养保险等在内的宠物业发展迅猛。但宠物业的发展也带来一些社会、伦理和产业上的问题。

其中，宠物的丢失和身份确认被认为是一大问题。当主人非主观地在事故中丢失宠物的情况下，通过外貌等长相来确认宠物的身份是有限的。而且，从居住地迷失而彷徨流浪的宠物们还会引发它们的攻击性、排泄物、一般垃圾等问题，演变成社会的一大问题。另外，以美国为例，全国共有650万只宠物(包括户外动物)被集中在动物保护中心，其中每年有150万只被处以安乐死。此外，在英国，2011年宠物保险诈骗增加了4倍，也成为一大社会问题。

最根本的问题就是缺乏对宠物所有权的正式记录。

在中国，政府正在研究如何将宠物的身份信息数据库化，不管使用何种类型的信息作为身份信息，对宠物都将按照序列号进行排列，以努力解决上述宠物问题。

目前开发的方法之一是皮下注入微型芯片(microchip injection)，通过芯片内置的序列号确认宠物的身份。但是因为芯片阅读器的使用和购买都很方便，所以这种方法很有可能成为罪犯的作案对象。芯片内宠物主人的信息很容易被用于诈骗，将微型芯片移植到其他宠物上可能成为保险公司所担忧的宠物保险诈骗的另一种可行途径。除此之外，当宠物被故意丢弃时，芯片被主人从宠物身上取出，这会在追究宠物引起的各种社会问题的责任时产生一定的限制。

为了最大限度地减少这种微型芯片的局限性，识别宠物的另一种方法是基于遗传标记的方法。这种方法是利用个体的基因信息，只要有个体以及登记记录，就可以通过宠物的过往史识别宠物，从而找到其主人。基于遗传标记的方法使用了多种基因标志物，以防止遗传多态性、杂合性和继承的发生。上述标记中包括常染色体微小卫星标记(autosomalmicrosatellites marker)、Y染色体标记(Y chromosome markers)、线粒体DNA(mitochondrial DNA(mtDNA))和近期的单核苷酸多态性(sin-gle-nucleotidepolymorphisms(SNPs))。这些标记被用来区分狗的个数和群体的变化率。

虽然目前为了这一目的而选择多态微小卫星(microsatellites)作为指标，但可实用分析的多态性微卫星标记的独立分离次数是有限的。因此，仅用多态性微卫星数据可能很难区分某种关系。

在上述标记中，富含于基因组的SNP与多态微小卫星标记或mtDNA相比突变率低，一旦发现就可进行有效分析。SNP经常出现在哺乳动物基因组中，除了被有效地用于快速、规模化和经济型的基因型分析(genotyping)之外，还被用作生态学、保护、人口和进化研究的有效工具。

很多高通量(high-throughput)单核苷酸多态性(single-nucleotidepolymorphism,SNP)基因型分析目前可用于此用途。其中，iPLEX-pro试剂和MassARRAY分子量阵列技术凭借其多路复用(multiplexing)及最低的分析设置成本提供了一个便捷的平台。它将均相反应格式(homogeneous reaction format)与单一延伸引物和多重PCR反应、所有SNP以及针对小试剂量根据常规的反应条件进行单一终止混合(single terminationmix)结合使用，以生成具有不同质量的等位基因特异产物。