[发明专利]用单核苷酸多态性标记识别动物个体的方法在审
申请号: | 201910393850.5 | 申请日: | 2019-05-13 |
公开(公告)号: | CN111607650A | 公开(公告)日: | 2020-09-01 |
发明(设计)人: | 裴真植;申相澈;李旻燮 | 申请(专利权)人: | 伊万基因诊断中心有限公司 |
主分类号: | C12Q1/6888 | 分类号: | C12Q1/6888;C12N15/11 |
代理公司: | 上海汉声知识产权代理有限公司 31236 | 代理人: | 庄文莉 |
地址: | 韩国仁川广域市延寿*** | 国省代码: | 暂无信息 |
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摘要: | |||
搜索关键词: | 核苷酸 多态性 标记 识别 动物 个体 方法 | ||
1.一种用于识别狗个体的SNP标记组,按照包含下述步骤的方法配制而成:
(a)步骤:通过删除狗基因组数据组中具有血缘关系的个体和阵列大小不到10的品种个体的数据,创建用于个体识别的基因组数据组;
(b)步骤:在上述用于个体识别的基因组数据组中,筛选出双等位基因,选出各品种狗的等位基因频率为40%到60%,次等位基因的标准偏差不到0.25的SNP;
(c)步骤:在上述(b)步骤中筛选出的SNP中去除相邻SNP中间隔距离小于1Mbp的,或是在5'方向和3'方向上分别在90bp内具有重叠序列的SNP;
(d)步骤:筛选出包括上述(c)步骤中筛选出的SNP在内的200bp内未发生变异的SNP;和
(e)步骤:将上述筛选出的SNP组合为11到25个,以构建用于识别狗个体的SNP标记组。
2.根据权利要求1所述的用于识别狗的个体的SNP标记组,特征是,所述SNP标记包括从序列号1至25组成的群组中选择的11种以上的多核苷酸中第11个碱基的5个以上连续碱基组成的多核苷酸或与其互补的多核苷酸。
3.根据权利要求1所述的SNP标记组,特征是所述(b)步骤中筛选的SNP是下表所列的SNP。
4.一种用于识别狗的个体的组合物,可检测或扩增第1项至第3项中任意一项用于识别狗的个体的SNP标记组。
5.根据权利要求4所述的用于识别狗的个体的组合物,特征是,所述可检测或扩增上述SNP标记的制剂是特异结合于所述SNP标记或可使包括SNP标记的多核苷酸扩增而结合的引物或探针。
6.一种用于识别狗的个体的试剂盒,包括权利要求4的组合物。
7.一种识别狗的个体的方法,包括:
(a)步骤:从待进行个体识别的狗身上分离出核酸;以及
(b)步骤:将选自用序列号1到25标示的多核苷酸群组中的11种以上的SNP标记中的第11个碱基序列放入上述分离出来的核酸中进行确认。
8.根据权利要求7所述的识别狗的个体的方法,特征是,在上述(a)步骤中,核酸可以从待识别对象的狗的血液、表皮、尿液、粪便、皮毛、唾液、口腔细胞、肌肉和器官组成的群组中选择一种以上分离出来。
9.根据权利要求7所述的识别狗的个体的方法,特征是,确定多核苷酸中第11个碱基序列的方法选自非放射性原位杂交技术、DNA序列排序、PFGE分析、Sudin Blott分析、单链信息分析、RNase保护分析、Dot-Blot分析、变性古巴塞尔电泳、利用识别核苷酸错配的蛋白质的方法、等位基因特异引物混合方法、等位基因特异扩增方法、5' 核酸酶消化法、分子信标分析法、寡核苷酸连接分析法、粒度分析法、单链构象多态性、等位-特异PCR、质谱法的群组。
10.根据权利要求7所述的识别狗的个体的方法,特征是,进一步包括上述(b)步骤之后确认由狗的品种、血型、外形特征、体重、性别和年龄组成的群组中一种以上信息的步骤。
11.根据权利要求7所述的识别狗的个体的方法,特征是,所述狗的品种从比格猎犬、水犬、马尔济斯犬、茶杯犬、贵宾犬、约克夏犬、西施犬、腊肠犬以及它们的混血所组成的群组中进行选择。
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