[发明专利]一种在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法

权利要求书

1.在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于，包括以下步骤：

s1.培育剑麻参试材料，并进行剑麻叶RNA的提取及质量检测；

s2.进行剑麻叶纤维的转录组测序；

s3.进行转录水平差异比较分析，筛选出差异表达基因；

s4.进行差异表达基因的GO功能显著性富集分析和Pathway显著性富集分析；

s5.从转录组数据中挑取两种不同表达趋势的4个基因在不同纤维发育时期进行实时荧光定量PCR试验，并与RNA-Seq转录组数据中该基因的表达趋势进行吻合性检测，验证RNA-Seq转录组数据的可靠性。

2.根据权利要求1所述的在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于：步骤s1中，培育狐尾龙舌兰和剑麻H.11648为供试材料，采取定植后5年的壮龄剑麻叶片为材料，并设置3个生物学重复。

3.根据权利要求1所述的在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于：步骤s2中，按RNAprep pure植物总RNA提取试剂盒指示，分别提取两个材料叶纤维总RNA，用1％琼脂糖凝胶电泳检测总RNA的纯度及完整性。

4.根据权利要求1所述的在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于：步骤s2中，测序得到的数据采用Trinity软件进行Devo从头组装得到Unigene，通过Blastx将Unigene序列与KEGG、COG、SwissProt、TrEMBL、NR数据库比对，得到对应的功能注释结果；再通过WEGO软件做GO功能分类统计，用Path finder软件并依据KEGG注释分析Unigene的代谢通路。

5.根据权利要求3所述的在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于：步骤s4中，所述GO功能显著性富集分析的步骤为：

s31.根据Unigene的NR注释信息，利用Blast2GO软件将差异表达基因向GO数据库的各term映射，并计算每个term包含的Unigene数目，从而得到具有某个GO功能的基因列表及基因数目统计；

s32应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在差异表达基因中显著富集的Goterm。

6.根据权利要求1所述的在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于：步骤s4中，所述Pathway显著性富集分析以KEGG Pathway为单位，应用超几何检验，找出与整个基因组背景相比，在差异表达基因中显著性富集的Pathway。

7.根据权利要求1所述的在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于：对同一材料幼龄麻和壮龄麻基因的差异比较分析时，应进行差异表达基因的表达模式聚类分析和时空表达模式分析。

8.根据权利要求5所述的在转录组测序水平上进行剑麻叶纤维发育的研究方法，其特征在于：在对不同材料差异基因表达进行分析时，Unigene表达量的计算使用FPKM法，根据基因的表达量计算该基因在不同样本问的差异表达倍数；定义差异表达基因为FDR小于或等于0.001且倍数差异在2倍以上的基因，得到所述差异表达基因之后，对差异表达基因做GO功能分析和KEGG Pathway分析。