[发明专利]一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系

说明书

本发明公开了一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其包括；文库制备试剂；探针及杂交捕获试剂，能够对文库进行测序；数据分析系统；所述数据分析系统能够分析包括数据质控信息和统计信息、突变位点信息及TMB数值在内的结果。

技术领域：

本发明涉及一种基于高通量测序平台开发的基因检测体系，可同时检测肿瘤相关靶向治疗和免疫治疗相关基因信息。

背景技术：

大量临床研究已经表明，以TKI类小分子抑制剂为代表的靶向治疗药物给广大癌症患者带来了更多的获益，相应的伴随诊断产品也成为了临床制定治疗方案前必选的项目之一。靶向治疗虽然可以使病人更多获益，但仍有30％以上的病人因为不符合靶向治疗的标准，无法选择该治疗方案。近年来，免疫检查点抑制剂药物的突破性进展，为癌症患者带来了新的希望，尤其以PD1/PDL1类药物的临床研究最为火热，但不建议在含有驱动基因突变的患者中使用。目前，大多临床专家形成以下共识：一线治疗时首选靶向治疗，若不符合靶向治疗的标准，再考虑免疫治疗。因此，靶向治疗相关驱动基因突变及免疫检查点抑制剂相关分子靶标检测对临床肿瘤治疗均具有重要意义。

临床大多以肿瘤手术组织或活检标本为检测目标，一般病理医生可以将组织做成石蜡包埋玻片，通过组织细胞形态，对肿瘤细胞含量及肿瘤类型进行病理诊断，不足之处在于肿瘤组织存在较强异质性，局部组织不能代表整体情况，且很多晚期癌症患者无法获取肿瘤组织，失去了较多治疗选择。研究发现血液中存在肿瘤游离DNA，易于获得，且不存在异质性问题，可作为组织样本的最佳替代样本。但其缺点在于，外周血中肿瘤来源游离DNA含量较组织样本少，肿瘤突变丰度较低，对检测技术的灵敏度和准确性要求较高。

目前临床用于肿瘤靶向治疗的伴随诊断产品多以ARMS-PCR为主，灵敏度和准确性都较高，缺点是通量相对较低，于是更多的检测产品逐渐转向高通量测序(NGS)平台。免疫治疗疗效与机体免疫状态有较大相关性，临床研究显示PDL1高表达或肿瘤突变负荷(TMB)较高或错误修复系统缺陷的患者疗效较好，因此临床关于免疫检查点抑制剂药物的伴随诊断产品基本围绕PDL1表达、TMB(Tumor mutation burden，肿瘤突变负荷)检测及MSI(Microsatallite instability，微卫星不稳定)检测展开，三种分子靶标的检测方法一般为：免疫组化、NGS、PCR+Sanger。

综上所述，目前临床用于肿瘤治疗的分子靶标较多，涉及基因组范围内多个基因、多种突变类型，传统检测方式多样，但均只能检测个别靶标，要做到精准、全面的治疗，需要多种方法、多个技术平台的综合使用，成本高、速度慢、操作复杂。

发明内容：

本发明提供了一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，该体系基于高通量测序技术开发，采用探针捕获的靶向测序方法，结合生物信息分析技术，可同时适用于组织样本类型和血液样本类型。

一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，包括：

文库制备试剂；所述的文库根据提取的DNA类型而定，ctDNA样本直接进行建库而得；

组织样本进行片段化，使其长度集中在200～500bp左右，再建库而得；所建的文库，两端接头含有6～12bp的随机分子标签；

探针：探针为DNA探针，长度在30～150bp之间，覆盖的区域包括含EGFR、ALK在内的靶向治疗药物相关基因靶点和至少200个MSI位点；

测序系统，能够对文库进行测序；

数据分析系统；所述数据分析系统能够分析包括数据质控信息和统计信息、突变位点信息及TMB数值在内的结果。

本发明所述的术语“文库”的含义为：两端含有一段特定相同序列的DNA片段分子库，包括了全部基因组或部分基因组的序列信息，可以被同一段序列进行扩增或信息读取。