[发明专利]一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系

权利要求书

1.一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，包括：

文库制备试剂；所述的文库根据提取的DNA类型而定，ctDNA样本直接进行建库而得；

组织样本进行片段化，使其长度集中在200～500bp左右，再建库而得；所建的文库，两端接头含有6～12bp的随机分子标签；

探针：探针为DNA探针，长度在30～150bp之间，覆盖的区域包括含EGFR、ALK在内的靶向治疗药物相关基因靶点和至少200个MSI位点；

测序系统，能够对文库进行测序；

数据分析系统；所述数据分析系统能够分析包括数据质控信息和统计信息、突变位点信息及TMB数值在内的结果。

2.如权利要求1所述的一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其特征在于：所建的文库，在用探针捕获后，文库需要再次进行扩增，扩增循环数为8～20个，扩增后文库总量应＞10ng。

3.如权利要求1所述的一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其特征在于：所建的文库，接头为包括Illumina、ThermoFisher、BGISeq在内的测序平台中的任意一种。

4.如权利要求1所述的一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其特征在于：探针为DNA探针，覆盖的区域包括至少如表1和表2中所示的448个基因：

表1 用于检测点突变与插入缺失突变的基因列表

表2 同时检测点突变、插入缺失及融合突变的基因列表

5.如权利要求1所述的一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其特征在于：在测序系统测序时，为单端测序或双端测序，单条模板测序总读长应不低于2×75bp，组织样本数据量不低于5Gbp，测序深度在2000×以上；血浆样本测序数据量不低于5Gbp，测序深度在2000×以上；若有对照样本，对照样本测序深度不低于0.2Gbp。

6.如权利要求1所述的一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其特征在于：数据分析系统对突变位点判定标准如下：对于组织样本，单点覆盖深度应≥100×，与参考序列不一致碱基比例≥5％，若为靶向药物相关突变，与参考序列不一致碱基比例应≥1％；对于血浆样本，单点覆盖深度应≥500×，与参考序列不一致碱基比例≥0.5％。

7.如权利要求1所述的一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其特征在于：数据分析系统不管是否检测到热点突变，都需要进一步计算TMB数值和MSI检测。

8.如权利要求7所述的一种可对肿瘤靶向治疗相关靶点和免疫治疗相关TMB及MSI同时进行检测的体系，其特征在于：TMB数值的计算：首先将检测到的所有位点进行过滤，可使用对照样本信息或群体数据库信息，去除待检样本中含有的胚系突变信息，得到突变集A；从突变集A中，将热点突变位点过滤掉，得到突变集B；再进一步将突变集B中位于编码区以外区域的突变过滤掉，得到突变集C；计算突变集C中点突变、插入缺失突变的个数，除以检测区域大小，即为该样本的TMB数值T；T≥10为TMB-H，T＜10为TMB-L。