[发明专利]一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物及试剂盒

说明书

本发明公开了一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物及试剂盒，所述三种主要碳青霉烯酶基因为KPC基因、NDM‑1基因和OXA‑48基因，所述肺炎克雷伯菌基因为phoE基因；所述引物和探针组合物包括分别用于检测所述KPC基因、所述NDM‑1基因、所述OXA‑48基因和所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针，如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.12所示。本发明应用实时荧光定量PCR检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因，与目前常规临床检测方法相比检测周期大大缩短，提高了效率和检测通量，迎合了检测需求，而且具有较高的特异性、灵敏度和准确性，同时由于实验中没有扩增之后的检测过程，能够有效解决实验中的污染问题。

技术领域

本发明涉及分子生物学领域，具体涉及一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物及试剂盒。

背景技术

碳青霉稀类耐药肠杆菌科细菌(carbapenem-resistant enterobacteriaceae，CRE)包括产碳青霉烯酶的克雷伯菌属和大肠埃希菌，是临床医院感染重点监测的病原菌之一。长期以来，碳青霉烯类抗菌药物是作为治疗肺炎克雷伯菌、大肠杆菌和其他肠杆菌科细菌感染时最可靠的抗菌药物。然而随着碳青霉烯类抗生素的大范围使用，肺炎克雷伯菌多重耐药株不断出现，不仅容易引起复发性感染，致使治疗失败和增加病死率，而且几乎没有新的抗菌药物能替代，使临床治疗陷入无药可用的境地，给临床医生的决策带来极大困难。

目前对不同分类的碳青霉烯酶临床采用不同的检测方法，如改良 Hodge试验、双纸片协同实验、微量肉汤稀释法和纸片扩散法等等，这些方法各自存在一定的缺陷，同时还存在假阳性可能，而且这些常规药敏试验均以菌培养为基础，灵敏度较低，检测周期较长。

发明内容

本发明解决的技术问题之一是提供一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物。

本发明解决的技术问题之二是提供一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的试剂盒。

本发明解决的技术问题之三是提供一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的试剂盒的使用方法。

本发明应用实时荧光定量PCR检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因，与目前常规临床检测方法相比检测周期大大缩短，提高了效率和检测通量，迎合了检测需求，而且具有较高的特异性、灵敏度和准确性，同时由于实验中没有扩增之后的检测过程，能够有效解决实验中的污染问题。

本发明解决上述技术问题所采用的技术方案如下：

一种用于检测肺炎克雷伯菌及三种主要碳青霉烯酶基因的引物和探针组合物，所述三种主要碳青霉烯酶基因为KPC基因、NDM-1 基因和OXA-48基因，所述肺炎克雷伯菌基因为phoE基因；所述引物和探针组合物包括分别用于检测所述KPC基因、所述NDM-1基因、所述OXA-48基因和所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针；用于检测所述KPC基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如 SEQ ID NO.1、SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3所示；用于检测所述 NDM-1基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQ ID NO.4、SEQ ID NO.5和SEQ ID NO.6所示；用于检测所述OXA-48 基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQ ID NO.7、SEQ ID NO.8和SEQ ID NO.9所示；用于检测所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针的序列分别如SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.11和SEQ ID NO.12所示。

优选地，用于检测所述KPC基因和所述OXA-48基因的正向引物、反向引物和探针组成第一引物探针组合物；用于检测所述NDM-1 基因和所述phoE基因的正向引物、反向引物和探针组成第二引物探针组合物。