[发明专利]用于富集低频DNA突变的DNA探针应用于多种突变的同时检测

权利要求书

1.一种用于富集低频DNA突变的DNA探针组合，其特征在于，所述DNA探针组合由核苷酸序列如SEQ ID NO:1~6所示的DNA探针组成；

其中，所述探针具有LNA修饰；

所述核苷酸序列如SEQ ID NO:1所示的DNA探针，用于富集EGFR基因19号外显子发生C.2235-2249del15突变的样本，从探针的5’端到3’端的方向，所述LNA修饰位于所述探针的第二位核苷酸、第四位核苷酸、第五位核苷酸、第六位核苷酸、第七位核苷酸以及第九位核苷酸上；

所述核苷酸序列如SEQ ID NO:2所示的DNA探针，用于富集EGFR基因19号外显子发生C.2236-2250del15突变的样本，从探针的5’端到3’端的方向，所述LNA修饰位于所述探针的第二位核苷酸、第四位核苷酸、第五位核苷酸、第六位核苷酸、第七位核苷酸以及第九位核苷酸上；

所述核苷酸序列如SEQ ID NO:3所示的DNA探针，用于富集EGFR基因19号外显子发生C.2240-2257del18突变的样本，从探针的5’端到3’端的方向，所述LNA修饰位于所述探针的第二位核苷酸、第九位核苷酸以及第十位核苷酸上；

所述核苷酸序列如SEQ ID NO:4所示的DNA探针，用于富集EGFR基因19号外显子发生C.2239-2248C突变的样本，从探针的5’端到3’端的方向，所述LNA修饰位于所述探针的第二位核苷酸、第四位核苷酸、第五位核苷酸、第六位核苷酸以及第七位核苷酸上；

所述核苷酸序列如SEQ ID NO:5所示的DNA探针，用于富集EGFR基因19号外显子发生C.2240-2254del15突变的样本，从探针的5’端到3’端的方向，所述LNA修饰位于所述探针的第四位核苷酸、第五位核苷酸、第六位核苷酸、第七位核苷酸以及第九位核苷酸上；

所述核苷酸序列如SEQ ID NO:6所示的DNA探针，用于富集EGFR基因19号外显子发生C.2237-2255T突变的样本，从探针的5’端到3’端的方向，所述LNA修饰位于所述探针的第四位核苷酸、第五位核苷酸、第六位核苷酸、第七位核苷酸以及第九位核苷酸上；

所述核苷酸序列如SEQ ID NO:1-6所示的DNA探针组合的杂交条件为15℃孵育30min；

所述DNA探针3’端具有磷酸修饰；

所述DNA探针5’端具有生物素标记。

2.权利要求1所述的富集低频DNA突变的DNA探针组合在制备试剂盒中的用途，所述低频DNA突变为癌症相关突变，所述试剂盒用于诊断肺癌或指导肺癌用药。

3.根据权利要求2所述的用途，其特征在于，所述癌症相关突变为EGFR基因19外显子的突变。

4.一种试剂盒，其特征在于，包括权利要求1所述的DNA探针组合。

5.一种富集低频DNA突变的方法，其特征在于，包括：

1）对DNA片段进行第一PCR扩增处理，以便获得第一PCR扩增产物；

2）对第一PCR扩增产物进行变性处理，以便获得变性产物；

3）将所述变性产物与权利要求1所述的DNA探针组合进行杂交处理，将所述杂交处理产物进行纯化处理，所述纯化处理通过链霉素亲和性磁珠纯化进行的；

4）将杂交处理产物进行第二PCR扩增处理，以便获得第二PCR扩增产物，所述第二PCR扩增产物构成低频DNA突变集。

6.根据权利要求5所述的方法，其特征在于，所述DNA片段来源于血液或其他体液的游离ctDNA或cfDNA。

7.一种非疾病诊断目的的检测低频DNA突变的方法，其特征在于，包括：

1）根据权利要求5~6任一项所述的方法，富集预定低频DNA突变，以便获得预定低频DNA突变集；

2）对所述预定低频DNA突变集进行测序，以便获得测序结果，所述测序结果由至少一个测序读段构成；以及

3）将所述测序读段与参考序列进行比对，以便确定预定低频DNA突变位点是否存在突变。

8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，将所述测序读段与参考序列进行比对后，进一步包括确定预定低频DNA突变位点的碱基峰，所述预定低频DNA突变位点的突变碱基峰出现在相应野生型DNA碱基峰的位置是存在预定低频DNA突变位点的指示。