[发明专利]用于富集低频DNA突变的DNA探针及其应用

说明书

本发明提出了用于富集低频DNA突变的DNA探针及其应用。该探针具有如下序列的至少之一：1)SEQ ID NO:1～4所示的核苷酸序列，2)与1)相比具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％同一性的核苷酸序列。该探针可以同时或者分别对待测核酸样品中变异频率极低的突变EGFR S768I，EGFR L861Q，BRAF V600E进行特异性的富集，进而实现上述低频突变的特异性检测。

技术领域

本发明涉及生物技术领域，具体地，本发明涉及用于富集低频DNA突变的DNA探针及其应用，更具体地，本发明涉及用于富集低频DNA突变的DNA探针、探针在制备试剂盒中的用途、试剂盒、富集低频DNA突变的方法以及检测低频DNA突变的方法。

背景技术

肺癌有很高的发病率和死亡率，它的发病率在美国是第二位，在中国是第一位，死亡率在美国和中国都是第一位。除了吸烟者，很多从未吸烟的人因为遗传和环境的因素也患有肺癌。肺癌患者中有85-90％的病例是非小细胞肺癌。近年来经大量研究，科学家对于这一类肺癌患者所携带的基因突变情况也有了更为清楚的认识。

研究表明，肺癌患者的EGFR基因编码区，主要是在外显子18-21上会发生突变，85％-90％的突变都是外显子19上的缺失突变和外显子21上L858R的点突变，这些突变与埃克替尼和吉非替尼等药物的临床疗效有关，即小分子酪氨酸激酶抑制剂能够竞争性抑制ATP与EGFR胞内酪氨酸激酶结构域的结合，进而影响酪氨酸残基的磷酸化，抑制EGFR下游信号转导。此外，一些在肺癌患者人群中低频出现的驱动突变，如EGFR基因20外显子上的S768I突变，21外显子上的L861Q突变，BRAF基因V600E突变，这些肺癌患者都能够从靶向药物的治疗中获益。对这些基因突变位点的检测能够使得肺癌患者有机会接受更好的治疗方案，从而提高其生活质量和存活机会。

因而，关于这些低频出现的驱动突变的检测方法的发展迫在眉睫。

发明内容

本发明目的是至少在一定程度上解决相关的技术问题之一。为此，本申请的发明人设计了一组DNA探针，这组DNA探针可以同时或者分别对肺癌患者外周血游离DNA(cfDNA/ctDNA)中的EGFR S768I，EGFR L861Q，BRAF V600E进行特异性的富集，能够检测到血液或其他体液中变异频率极低的肿瘤DNA变异。同时，发明人还提出了富集低频DNA突变的方法，应用该方法通过检测患者外周血或其他体液，在基因突变频率较低的情况下，实现了无创、高灵敏性、高特异性地检测患者血液或其他体液中的基因突变的DNA，从而可进一步对肺癌患者靶向用药指导，以及在肺癌患者靶向治疗期间提供动态监控等。

在本发明的第一方面，本发明提出了一种富集低频DNA突变的DNA探针。根据本发明的实施例，所述探针具有如下序列的至少之一：1)SEQ ID NO:1～4所示的核苷酸序列，2)与1)相比具有至少70％、至少75％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％、至少99％同一性的核苷酸序列。

gccatcgtg(SEQ ID NO:1)。

aacagctgg(SEQ ID NO:2)。

gatttctctgta(SEQ ID NO:3)。

tacagagaaatc(SEQ ID NO:4)。

根据本发明的实施例，上述探针可以同时或者分别对待测核酸样品中变异频率极低的突变EGFR S768I，EGFR L861Q，BRAF V600E进行特异性的富集，进而实现上述低频突变的特异性检测。

根据本发明的实施例，上述探针还可以包括如下附加技术特征至少之一：