[发明专利]根据基因突变信息对样本分类的方法、装置、设备及介质在审
| 申请号: | 201910061006.2 | 申请日: | 2019-01-23 |
| 公开(公告)号: | CN109411018A | 公开(公告)日: | 2019-03-01 |
| 发明(设计)人: | 高军晖;王丽君;袁卫兰;张英霞;龚建兵;赵伟;林灵 | 申请(专利权)人: | 上海宝藤生物医药科技股份有限公司;上海宝藤医学检验所有限公司 |
| 主分类号: | G16B20/50 | 分类号: | G16B20/50;G16B40/20 |
| 代理公司: | 北京品源专利代理有限公司 11332 | 代理人: | 孟金喆 |
| 地址: | 201203 上海市浦东新区中国*** | 国省代码: | 上海;31 |
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 突变基因 集合 样本分类 分类 基因突变 样本 分类准确性 关联基因 样本类别 合并 基因 优化 | ||
1.一种根据基因突变信息对样本分类的方法,其特征在于,包括:
获取与至少两个待分类的样本分别对应的突变基因集合,并根据基因间关系图对各所述突变基因集合进行关联基因的扩充;
将扩充后的各所述突变基因集合进行合并,并将合并结果划分为与至少两个样本类别分别对应的突变基因分类集合;
采用所述突变基因分类集合,对各所述样本进行分类。
2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,在根据基因间关系图对各所述突变基因集合进行关联基因的扩充之前,还包括:
查询基因间关系数据库,获取基因间关系数据;
采用图计算工具对所述基因间关系数据进行处理,得到所述基因间关系图。
3.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,根据基因间关系图对所述突变基因集合进行关联基因的扩充,包括:
在当前处理的突变基因集合中,获取一个目标突变基因;
根据所述基因间关系图,获取与所述目标突变基因关联的一个基因作为备选扩充基因;
如果所述备选扩充基因不属于所述当前处理的突变基因集合,则将所述备选扩充基因加入至所述当前处理的突变基因集合中;
返回执行所述在当前处理的突变基因集合中,获取一个目标突变基因的操作,直至满足预设的结束扩充条件。
4.根据权利要求3所述的方法,其特征在于,根据所述基因间关系图,获取与所述目标突变基因关联的一个基因作为备选扩充基因,包括:
在所述基因间关系图中,获取与所述目标突变基因对应的目标基因节点;
采用随机游走技术,在所述基因间关系图中选择所述目标基因节点的一个邻居基因节点;
将与所述邻居基因节点对应的基因作为备选扩充基因。
5.根据权利要求1-4任一项所述的方法,其特征在于,获取与至少两个待分类的样本分别对应的突变基因集合,包括:
获取与所述待分类的样本对应的全部突变基因;
查询所述基因间关系图,将所述全部突变基因在所述基因间关系图中的节点编号或者节点名称,存储于所述待分类的样本的突变基因集合中。
6.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,将合并结果划分为与至少两个样本类别分别对应的突变基因分类集合,包括:
将合并结果中的每个突变基因分别映射于所述基因间关系图中,并根据映射结果生成所述基因间关系图的至少两个子图;
根据所述至少两个子图,形成与至少两个样本类别分别对应的突变基因分类集合。
7.根据权利要求6所述的方法,其特征在于,根据所述至少两个子图,形成与至少两个样本类别分别对应的突变基因分类集合,包括:
如果生成的子图数量与预设的标准分类数量不匹配,则将至少一个子图进行拆分处理,和/或将至少两个子图进行合并处理,以生成与所述标准分类数量匹配的目标子图;
根据所述目标子图中包括的基因节点,生成与至少两个样本类别分别对应的突变基因分类集合。
8.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,采用所述突变基因分类集合,对所述样本进行分类,包括:
计算当前处理的样本的突变基因集合与每个所述突变基因分类集合的突变基因交集;
获取突变基因交集中基因节点数量最多的一个突变基因分类集合对应的样本类别作为当前处理的样本的分类结果。
9.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述待分类的样本包括:确诊为肿瘤病人的样本。
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