[发明专利]一种检测红豆杉属植物基因表达水平的试剂盒和方法

说明书

本发明公开了一种检测红豆杉属植物基因表达水平的试剂盒和方法，具体地，公开了一种检测曼地亚红豆杉（Taxus×media）在不同处理下基因表达水平变化的试剂盒及其方法。在本发明中，所述试剂盒包括检测内参基因的引物对或引物对组合，所述内参基因选自SAND、ARP2、RBCL、GAPDH1、Actin、18S rRNA、GAPDH2和TBC41或其组合。本发明提供的适合红豆杉属标志物基因表达研究的内参基因，为开展红豆杉属植物的功能基因表达分析提供参考依据。

技术领域

本发明属于植物分子生物学领域，具体地，涉及一种检测红豆杉属植物基因表达水平的试剂盒和方法，更具体地，涉及一种检测曼地亚红豆杉(Taxus×media)在经过不同处理后基因表达水平的试剂盒及其方法。

背景技术

实时荧光定量PCR具有灵敏度高、特异性强的特点，广泛应用于检测基因的表达水平。为了保证实验结果的准确、可靠，除了合理的实验和引物设计外，其它的实验步骤都要严格对待，如提取的RNA质量、聚合酶的扩增效率、cDNA的合成以及在做定量时操作的准确性和防止污染等^[1]。此外，选择合适的内参基因也是正确反映目的基因表达水平的一个重要前提，如ACT，GAPDH，18S rRNA和TUB等已被选为内参基因用于荧光定量PCR中^[2-5]，然而，研究结果表明，恒定表达的基因并不存在^[6,7]，也不存在适合所有植物，组织或实验处理的内参基因，因此，应根据物种和实验条件选择合适的内参基因。如：Mallona等^[8]的研究证明EF1α适合作为矮牵牛Mitchell品系的内参基因，CYP适合作为V30品系的内参基因，而GAPDH在这两个品系中均不稳定。蒋婷婷等^[9]从棉花(Lycoris sprengeri)不同组织和不同花期中筛选出Actin表达最稳定，适合作为内参基因。苏晓娟等^[10]认为Actin和18S rRNA等基因适合作为毛果杨(Populus trichocarpa)不同组织和锌胁迫下的组培苗内参基因。Xu等^[11]以中国白菜为材料并且研究结果表明TUB和GAPDH在可育系和不可育系花蕾中的表达最稳定。KIM等^[12]发现18S rRNA在水稻逆境胁迫中稳定性最高。

高通量测序技术发展迅速，已被广泛应用于基因组学和功能组学研究，并且测序产生的大片段序列和基因表达数据已成为快速筛选理想内参基因的有效方式^[13-15]。SANG等^[16]利用转录组数据筛选出了适合分析超积累型东南景天(Hyperaccunulating Sedumalfredii Hance)的内参基因UBC9和TUB；朱友银等^[17]利用转录组数据筛选出适合作为中国樱桃(Prunus pseudocerasus)低温响应和盐胁迫处理的内参基因GAPDH；刘洪峰等^[18]利用转录组数据筛选出适合牡丹(Paeonia ostii)的新型内参基因PUF1639、MBF1A、PP2CFP和RPS9。此外研究发现，根据材料自身转录组数据设计的引物比直接应用其它材料的内参基因稳定性要好^[19]。

然而，还没有对于红豆杉属植物如曼地亚红豆杉(Taxus×media)在不同激素水平下研究基因表达的内参基因的系统性研究。

参考文献：