[发明专利]用于检测癌症的非编码RNA

说明书

本公开总体上涉及基于样品中非编码核酸序列的检测或定量来检测样品中非编码RNA分子或对受试者进行诊断，特别涉及鉴定和使用针对癌症(包括乳腺癌)的分子生物标志物。

相关申请

本申请要求于2017年11月12日提交的第62/584,899号美国临时专利申请的优先权，其全部内容通过引用并入本文。

技术领域

本公开总体上涉及基于样品中非编码核酸序列的检测或定量来检测样品中非编码RNA分子或对受试者进行诊断，特别涉及鉴定和使用针对癌症(包括乳腺癌)的分子生物标志物。

背景技术

基因表达格局(gene expression landscape)的广泛重编程是癌症发展的标志。因此，系统鉴定驱动病理性基因表达模式的调控途径是迈向了解和治疗癌症的关键步骤。多年来，已发现多种调节机制与癌细胞分化、存活、侵袭和扩散中涉及的基因的致癌表达有关。虽然许多研究集中于构成肿瘤形成基础的转录途径，但转录后调节途径也已经成为该过程的主要调控因子。例如，微小RNA(小非编码RNA)——在基因沉默中发挥作用的小RNA的亚类——是乳腺癌进展的首个已表征的转录后调控因子(1)。RNA结合蛋白(RBP)也是基因表达的关键转录后调控因子，并且已经显示几种特异性RBP影响肿瘤形成和癌症进展(例如，2-5)。最近，已证明tRNA(6)和tRNA片段(7)——其他种类的非编码小RNA——在乳腺癌的发展中起着重要作用。

尽管癌症中涉及调节机制的多样性，但它们之间共有的特征是它们共同选择和失调细胞内存在的途径。换句话说，癌细胞采用多种策略，诸如体细胞突变(例如KRAS，8)、基因融合(例如，BCR-ABL，9)、表观遗传修饰(例如，启动子超甲基化，10)以及调节机制破坏(NFkB转录因子，10)以过度激活癌基因和下调肿瘤抑制途径(11，12)。虽然这些策略依赖于已经存在的调节程序的病理性调节，但通常忽略的可能性是癌细胞可能能够进化或改造驱动肿瘤发生的专门调节途径。

发明内容

本发明提供了新的小非编码RNA，其用作指示癌症(诸如乳腺癌)的生物标志物，并且可用于准确诊断受试者中的乳腺癌。在一些实施方案中，该方法包括在合适的样品中检测胞外循环小RNA。在一些实施方案中，该样品是人血清样品。在一些实施方案中，该样品是包含外泌体的分级的人血清样品，该外泌体包含小非编码mRNA。

本发明还涉及检测血液或血清样品中非编码RNA的存在。在一些实施方案中，本公开涉及一种用于检测受试者中的过度增殖细胞的方法，其包含检测血清或血浆样品中非编码核酸的存在、不存在或量。在一些实施方案中，该方法包含从样品中分离总RNA，并检测非编码mRNA序列的存在，以及将非编码mRNA的量与受试者是否包含一个或多个过度增殖细胞的可能性相关联。在一些实施方案中，该方法包含从样品分离总RNA，并检测非编码mRNA序列的存在，以及将非编码mRNA的量与受试者是否包含一个或多个癌细胞的可能性相关联。在一些实施方案中，该方法包含从样品分离总RNA，并检测非编码mRNA序列的存在，以及将非编码mRNA的量与受试者是否包含一个或多个实体瘤细胞的可能性相关联。在一些实施方案中，该方法包含从样品中分离总RNA，并检测非编码mRNA序列的存在，以及将非编码mRNA的量与受试者是否包含一个或多个乳腺癌细胞的可能性相关联。

在一些实施方案中，本文描述了用于确定诊断的方法，该方法包含根据先前描述的方法确定来源于受试者血浆或血清样品的样品中的非编码核酸的一种或组合的存在，并基于该非编码核酸的一种或组合的存在提供诊断。在一些实施方案中，所确定的诊断是癌症，诸如乳腺癌。