[发明专利]用于使用氧化铁颗粒提取核酸的方法和组合物

说明书

提供了用于从生物样品中提取核酸例如微RNA(miRNA)的方法和组合物。所述方法的多个方面包括使生物样品与蛋白酶K接触，然后在酸性条件下与氧化铁颗粒接触，以诱导所述氧化铁颗粒与所述样品中的核酸(例如，miRNA)之间的结合。在一些情况下，所述氧化铁颗粒作为可溶解膜的一部分提供，所述可溶解膜在溶剂化时释放所述氧化铁颗粒。在一些实施方案中，在所述核酸与所述氧化铁颗粒结合之后，将所述颗粒从所述样品中磁性分离，并与碱性洗脱缓冲液接触以释放所述核酸。

相关申请的交叉引用

根据美国法典第35篇第119条(e)款，本申请要求2017年9月13日提交的美国临时专利申请序列号62/558,074的提交日期的优先权；所述申请的公开内容以引用的方式并入本文。

发明背景

微RNA(miRNA)是小的(长度为18-25个核苷酸)非编码RNA，其可以通过与其3'非翻译区(UTR)结合来有效减少靶mRNA的表达。这种活性通过装配由催化酶构成的RNA诱导的沉默复合物而发生，所述催化酶中的一种被称为Argonaut。如果miRNA序列与靶3'-UTR之间的同源性是不完全的，则此复合物通过阻断翻译来降低表达。但是，如果同源性是完全的，则靶mRNA的降解可能是最终结果。迄今为止，已经鉴定出能够靶向数千种基因的超过2000种不同的人类miRNA。每个组织都具有标记miRNA，这些标记miRNA在正常的生理状态下以一致的水平表达。但是，在患病表型的情况下，这些miRNA为异常调控的。各种研究已表明单个miRNA调控癌基因和肿瘤抑制基因表达的能力，且其他研究已表明miRNA基因缺失或突变可以有助于肿瘤发生。

发明内容

提供了用于从生物样品中提取核酸例如微RNA(miRNA)的方法和组合物。所述方法的多个方面包括使生物样品与蛋白酶K接触，然后在酸性条件下与氧化铁颗粒接触，以诱导所述氧化铁颗粒与所述样品内的核酸(例如，miRNA)之间的结合。在一些情况下，所述氧化铁颗粒作为可溶解膜的一部分提供，所述可溶解膜在溶剂化时释放所述氧化铁颗粒。在一些实施方案中，在所述核酸与所述氧化铁颗粒结合之后，将所述颗粒从所述样品中磁性分离，并与碱性洗脱缓冲液接触以释放所述核酸。

所提供方法的实施方案是有效和安全的。例如，本公开的方法不需要使用氯仿或苯酚，并且在一些情况下在不到三十分钟内完成。主题方法和组合物与任何方便的生物样品相容，包括但不限于：培养的细胞、保存(例如，交联/固定)的细胞、全血、血清、血浆、福尔马林固定石蜡包埋的(FFPE)组织样品、活检、生物，包括感染性疾病生物，例如细菌和病毒等。在一些情况下，提取的核酸(例如，miRNA)可用于各种下游应用(例如，诊断)，这些应用可以包括定量分析，例如核酸测序，例如通过下一代测序(NGS)、定量RT-PCR、链置换扩增(SDA)和微阵列杂交进行的核酸测序。在一些情况下，例如使用缀合至与丰富的微RNA杂交的核酸探针的氧化铁颗粒来从样品中消耗一种或多种丰富的miRNA。

所述方法的实施方案的多个方面包括鉴定与靶微RNA结合的生物分子。例如，在一些情况下，使生物样品与缀合至与靶微RNA互补的核酸探针的氧化铁颗粒群体接触，并且所述方法包括鉴定与靶miRNA结合的一种或多种生物分子。

还提供了用于进行主题方法的组合物和试剂盒。

本发明的实施方案满足了对用于从生物样品中提取核酸例如miRNA的有效方法的需求。本文提供的组合物和方法有助于从多种生物样品类型中有效地提取核酸(例如，miRNA)。提取的核酸可以用作诊断指标和/或治疗用靶标。

附图说明

图1描绘了由评估洗脱前的混合量是否影响miRNA的产量所获得的结果。

图2描绘了由评估在步骤5和7(施加磁场后)去除所有残余液体，相对于留下一些残余液体(例如，5μL或50μL残余)是否影响miRNA的产量所获得的结果。

图3描绘了由评估使用不同洗脱体积是否提高了miRNA的产量所获得的结果。