[发明专利]具有改进的精度和特异性的碱基编辑器

权利要求书

1.一种融合蛋白，其包含经由任选的间插接头与工程化变体脱氨酶hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3A、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G、或hAPOBEC3H连接的Cas9样切口酶(nCas9)，所述工程化变体脱氨酶在脱氨酶的底物序列基序中包含表7、表8和/或表9中显示的造成脱氨酶在非典型基序发挥作用的一个或多个突变，并且任选地其中所述融合蛋白还包含尿嘧啶糖基化酶抑制剂(UGI)。

2.根据权利要求1所述的融合蛋白，其中所述融合蛋白包含表1或表2中列出的识别非同源序列基序的脱氨酶结构域的工程化变体。

3.根据权利要求1所述的融合蛋白，其中hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3A、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G或hAPOBEC3H的工程化变体包含表7或表8中显示的一个或多个突变。

4.根据权利要求1所述的融合蛋白，其中hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3A、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G或hAPOBEC3H的工程化变体包含(i)表7和/或表8中显示的一个或多个突变和(ii)表9中显示的一个或多个突变。

5.根据权利要求1所述的融合蛋白，其中hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3A、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G或hAPOBEC3H的工程化变体包含在N57、K60、和/或Y130中一处或多处具有突变的hAPOBEC3A；或者具有与N57、K60、或Y130对应的突变的hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G、或hAPOBEC3H。

6.根据权利要求1所述的融合蛋白，其中所述工程化变体包含在N57和Y130处具有突变的hAPOBEC3A。

7.根据权利要求5或6所述的融合蛋白，其包含具有N57G或N57Q突变；K60A或K60D突变；和/或Y130F突变中的一个或多个的hAPOBEC3A。

8.根据权利要求5所述的融合蛋白，其中所述工程化变体包含具有与N57、K60对应的突变和/或具有与Y130对应的突变的hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G、或hAPOBEC3H。

9.根据权利要求5或7所述的融合蛋白，其包含具有与N57G；K60D；或Y130F对应的一个或多个突变的hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G、或hAPOBEC3H。

10.根据权利要求1-9任一项所述的融合蛋白，其中hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3A、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G或hAPOBEC3H的工程化变体包含在A71和/或I96处具有突变的hAPOBEC3A；或者具有与A71和/或I96对应的突变(例如，如表10中所示)的hAID、rAPOBEC1*、mAPOBEC3、hAPOBEC3B、hAPOBEC3C、hAPOBEC3F、hAPOBEC3G、或hAPOBEC3H。