[发明专利]诊断菌群失调的方法

说明书

本公开内容涉及诊断受试者中菌群失调的方法、确定合适的治疗的方法以及治疗菌群失调的方法。在一些方面，本公开内容涉及诊断或确定肠易激综合征(IBS)的亚型。

技术领域

本公开内容涉及诊断受试者中菌群失调的方法、确定合适的治疗的方法以及治疗菌群失调的方法。

背景技术

人类微生物群由数万亿个微生物组成，其中大多数是细菌来源的并且是非致病性的微生物。所述微生物群在人类健康中起着至关重要的作用，并与宿主的免疫系统共同发挥作用以防止病原体的入侵和定殖。它还通过提供必需维生素和营养素的来源以及协助从食物中提取能量和营养素(例如氨基酸和短链脂肪酸)而具有基本的代谢功能。在这方面，宿主在显著有助于健康的许多重要生物学功能上高度依赖其微生物群。

越来越多的证据表明，人类微生物群的菌群失调与多种疾病相关。然而，由于微生物群中细菌种之间高度复杂的相互作用，因此难以确定或预测微生物群对人类健康的确切影响及其与人类疾病的关系。因此，需要能够有效诊断菌群失调的方法以鉴定有发展相关疾病的风险的受试者。

发明内容

本发明人开发了一种诊断受试者中的菌群失调的方法，所述方法涉及分析所述受试者的微生物组并将其与参比样品进行比较。此外，发明人已经鉴定出有几个细菌种和细菌属，它们在微生物组中的丰度指示菌群失调及其亚型，所述菌群失调及其亚型与包括肠易激综合征(IBS)、自闭症和肠衰老在内的特定疾病相关。

因此，本公开内容提供了一种确定受试者中IBS亚型的方法，其包括确定来自所述受试者或所述受试者环境的样品中至少10个细菌属的丰度，其中所述至少10个细菌属选自嗜碱菌属(Alkaliphilus)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、Pelotomaculum、埃格特菌属(Eggerthella)、真杆菌属(Eubacterium)、副球菌属(Paracoccus)、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属(Bacillus)、棍状厌氧菌属(Anaerorhabdus)、放线菌属(Actinomyces)、甲基杆菌属(Methylobacterium)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链球菌属(Streptococcus)、葡萄球菌属(Staphylococcus)、Peptoclostridium、Erysipelatoclostridium、Anaerostipes、萨顿氏菌属(Sutterella)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、梭菌属(Clostridium)、消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)、史雷克氏菌属(Slackia)、芽单胞菌属(Blastomonas)、乳杆菌属(Lactobacillus)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、土壤杆菌属(Agrobacterium)以及叶杆菌属(Phyllobacterium)。

在一个实施方案中，所述至少10个细菌属包括选自以下的至少5个属：嗜碱菌属、鞘氨醇单胞菌属、Pelotomaculum、埃格特菌属、真杆菌属、副球菌属、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属、棍状厌氧菌属以及放线菌属。

在一个实施方案中，所述至少10个细菌属包括嗜碱菌属、鞘氨醇单胞菌属、Pelotomaculum、埃格特菌属、真杆菌属、副球菌属、Lachnoclostridium、芽孢杆菌属、棍状厌氧菌属以及放线菌属。

在一个实施方案中，确定了至少20个细菌属的丰度。