[发明专利]产生复数候选探针和鉴定哺乳动物中细胞类型的方法

说明书

本发明提供了一种产生复数候选探针的方法和其使用方法。具体而言，候选探针可以与特定基因结合，并且进一步鉴定组织中细胞的类型。简而言之，上述方法包含以下步骤：(a)使用芯片侦测具有已知器官来源的正常样本中的基因表现；(b)使用处理模块比较正常样本中的基因表现；以及(c)依据前述步骤的比较结果产生候选探针。而使用方法为鉴定哺乳动物中细胞类型的方法，其包含以下步骤：(a’)使用前述候选探针以侦测具有未知细胞类型的测试样本中相对应的基因表现；(b’)使用处理模块分析测试样本以产生代表测试样本分数；以及(c’)进一步预测测试样本的细胞类型。此外，本揭露还提供一个系统用以执行前述的方法，并且该系统包含一个具有候选探针的矩阵的侦测芯片和一个处理模块。

技术领域

本发明涉及一种产生复数候选探针的方法和鉴定哺乳动物中细胞类型的方法。更具体地说，一种用来鉴定细胞类型是属于正常/良性瘤细胞、原位癌细胞或是转移癌细胞的方法。

背景技术

癌症逐渐已成为全球主要的死亡原因，并且在过去的数十年间平均每年夺走数了百万人的生命。(Ferlay J et al 2015)。癌症的治疗过程通常是昂贵、漫长和痛苦的。当癌症药物开发仍受到许多国家政府的严格监管的状态下，许多新的治疗方法正在积极的被推广，例如：标靶治疗和免疫疗法。病理解剖诊断是一项主观且传统的过程，其涉及利用显微镜检查活检切片。病理学家对活组织检查的形态学的解释是基于其对于特定类型癌症的知识和经验。(ConnollyJL et al,2003)而此过程被认为是癌症诊断的黄金标准，因为自从大约一个世纪前首次被引入后，没有任何其他更佳的技术被使用。

由于上述过程具有主观的性质，在某些情况下不同病理学家检验活组织而产生差异结果的状况并不令人惊讶。通过解剖病理学对癌症诊断的准确性的系统研究揭示了全世界各种医学机构中存在显著的差异/错误率。(Nguyen et al 2004,Raab et al 2005,Elmore JG et al 2015,Singh H et al,2007,Khazai L et al 2015,MehradM etal.2015)举例来说，Raab等人在回顾了1984年至2005年发表的十多篇研究论文后，揭示了解剖病理学在癌症诊断中的错误频率为1％至43％。(Raab et al 2005)此外，整理115名病理学家对60例乳腺癌活检切片的检验结果，Elmore等人揭示所数检验结果与先前的对照诊断仅具有75.3％的一致性(即具有25％的差异性)。(Elmore JG et al 2015)Nguyen等人发现44％的前列腺腺癌患者在泌尿生殖肿瘤学家对其病理结果进行复阅后，其Gleanson评分(Gleanson score)至少改变1分。这些诊断的改变有一些会导致后续治疗方法的变化。(Nguyen et al 2004)。

为了减少错误，包括美国临床病理学家协会在内的许多医学机构所推荐的最佳解决方案是让不止一位病理学家对活组织检查片进行审阅。(John E.et al 2000,NakhlehRE et al 2016,Middleton LP et al 2014,Leong AS et al 2006)此外，解剖病理学程序的改进也有助于减少诊断错误。(Nakhleh RE 2008,Nakhleh et al 2016)选用标记蛋白在活检标本上进行免疫组织化学染色有助于在癌症诊断中鉴定特定的癌症亚型。尽管已极尽可能地使用各种方式降低在外科病理学中所可能引起的错误率，提高癌症诊断准确性的最极致解决方法应是开发一种客观的，而且是从形态学以外的面向来分析样本的诊断系统。

因此我们期望开发一种方法和系统，以有效且准确地诊断细胞是正常细胞/良性肿瘤细胞、原发性肿瘤细胞还是转移性肿瘤细胞。

发明内容