[发明专利]肿瘤新生抗原负荷检测装置及存储介质

说明书

一种肿瘤新生抗原负荷检测装置及存储介质，该检测装置包括：数据获取单元，用于获取检测对象的肿瘤组织DNA、对照样本DNA和肿瘤组织RNA的靶向捕获区域的测序数据；体细胞变异检测单元，用于对肿瘤组织DNA和对照样本DNA的测序数据进行变异检测和注释得到突变肽段；融合基因检测单元，用于对肿瘤组织RNA的测序数据进行融合基因检测和注释得到突变肽段；HLA分型检测单元，用于对对照样本DNA的靶向捕获区域的测序数据进行HLA分型；MHC亲和力预测单元，用于对突变肽段使用HLA分型检测结果预测新生抗原；TNB计算单元，用于计算TNB；和结果输出单元，用于输出TNB检测结果。本发明能够用于肿瘤新生抗原负荷检测监测，预测免疫检查点抑制剂疗效。

技术领域

本发明涉及肿瘤检测技术领域，具体涉及一种肿瘤新生抗原负荷检测装置及存储介质。

背景技术

肿瘤是由基因组变异引起的疾病。免疫检查点抑制剂开辟了肿瘤治疗的新时代，但由于缺乏合适的临床分子标志物，PD-1/PD-L1(程序性细胞死亡受体-1，programmeddeath-1，PD-1；程序性细胞死亡配体-1，programmed cell death ligand 1，PD-L1)药物的受益人群无法被高效的筛选，筛选率只有20％-30％。目前已发现的潜在临床分子标志物包括PD-L1表达水平、肿瘤新生抗原负荷等，这些分子标志物可用于预测部分患者的治疗效果，但仍有不适用的情况。肿瘤新生抗原负荷(TNB)是直接反映肿瘤细胞中潜在新生抗原数量的一个指标，通常以每百万碱基(Mb)的肿瘤基因组区域中包含的肿瘤新生抗原总数来表示。TNB与肿瘤免疫直接相关，已有研究表明高TNB的水平能大概率预测肺癌、膀胱癌、黑色素瘤等肿瘤对免疫检查点抑制剂药物响应概率，且效果优于其他标志物。

作为分子标志物，临床上有高效准确检测TNB的需求。目前市场上尚无此类成熟产品，研究方面通常采用全外显子组测序的方法，具有成本高、周期长的缺陷，不适合临床应用。亟待开发相应的高效检测方法。

发明内容

本发明提供一种肿瘤新生抗原负荷检测装置及存储介质，能够用于肿瘤新生抗原负荷检测监测，预测免疫检查点抑制剂疗效。

根据第一方面，一种实施例中提供一种肿瘤新生抗原负荷检测装置，该检测装置包括：

数据获取单元，用于获取检测对象的肿瘤组织DNA、对照样本DNA和肿瘤组织RNA的靶向捕获区域的测序数据；

体细胞变异检测单元，用于对上述肿瘤组织DNA和对照样本DNA的靶向捕获区域的测序数据进行变异检测以发现体细胞突变，并对上述体细胞突变进行注释及计算突变位点前后第一设定数量的氨基酸的变化情况，作为突变肽段；

融合基因检测单元，用于对上述肿瘤组织RNA的靶向捕获区域的测序数据进行融合基因检测以发现融合基因，并对上述融合基因进行注释及计算融合位点前后第二设定数量的氨基酸的变化情况，作为突变肽段；

HLA分型检测单元，用于对上述对照样本DNA的靶向捕获区域的测序数据进行HLA分型以获得HLA分型检测结果；

MHC亲和力预测单元，用于对上述突变肽段使用上述HLA分型检测结果预测新生抗原以发现潜在新生抗原；

TNB计算单元，用于按照以下公式计算TNB：TNB＝N/R，其中N为新生抗原数量，R为靶向捕获区域的实际测序区域大小；和

结果输出单元，用于输出上述TNB检测结果。

在优选实施例中，上述对照样本选自癌旁组织或外周血样本。

在优选实施例中，上述第一设定数量为8-11；上述第二设定数量为8-11。

在优选实施例中，上述HLA分型检测单元，还用于对上述肿瘤组织DNA的靶向捕获区域的测序数据进行HLA分型以获得HLA分型检测结果。