[发明专利]肿瘤新生抗原负荷检测装置及存储介质

权利要求书

1.一种肿瘤新生抗原负荷检测装置，其特征在于，所述检测装置包括：

数据获取单元，用于获取检测对象的肿瘤组织DNA、对照样本DNA和肿瘤组织RNA的靶向捕获区域的测序数据；

体细胞变异检测单元，用于对所述肿瘤组织DNA和对照样本DNA的靶向捕获区域的测序数据进行变异检测以发现体细胞突变，并对所述体细胞突变进行注释及计算突变位点前后第一设定数量的氨基酸的变化情况，作为突变肽段；

融合基因检测单元，用于对所述肿瘤组织RNA的靶向捕获区域的测序数据进行融合基因检测以发现融合基因，并对所述融合基因进行注释及计算融合位点前后第二设定数量的氨基酸的变化情况，作为突变肽段；

HLA分型检测单元，用于对所述对照样本DNA的靶向捕获区域的测序数据进行HLA分型以获得HLA分型检测结果；

MHC亲和力预测单元，用于对所述突变肽段使用所述HLA分型检测结果预测新生抗原以发现潜在新生抗原；

TNB计算单元，用于按照以下公式计算TNB：TNB＝N/R，其中N为新生抗原数量，R为靶向捕获区域的实际测序区域大小；和

结果输出单元，用于输出所述TNB检测结果。

2.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述对照样本选自癌旁组织或外周血样本。

3.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述第一设定数量为8-11；所述第二设定数量为8-11。

4.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述HLA分型检测单元，还用于对所述肿瘤组织DNA的靶向捕获区域的测序数据进行HLA分型以获得HLA分型检测结果。

5.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述检测装置还包括：

突变表达水平检测单元，用于对所述肿瘤组织RNA的靶向捕获区域的测序数据的突变进行检测以判断DNA上的突变在RNA上是否存在。

6.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述潜在新生抗原是所述突变肽段中亲和力<500nM且野生型肽段亲和力>500nM的肽段。

7.根据权利要求1所述的检测装置，其特征在于，所述靶向捕获区域通过靶向捕获芯片捕获，所述靶向捕获芯片设有靶向捕获探针，所述靶向捕获探针通过如下方法获得：

(1)根据COSMIC数据库收集的基因表达信息，统计在肿瘤样本中发生表达的基因作为候选基因；

(2)将所述候选基因上每个外显子的碱基逐个替换为可能存在的突变碱基，对替换后的核苷酸序列进行注释，取突变位点前后预定数量氨基酸组成的肽段作为潜在突变肽段；

(3)统计中国人群HLA基因型频率分布，得到设定数量的频率最高的HLA基因型，作为中国人群代表基因型；

(4)对每条所述潜在突变肽段根据设定数量的中国人群代表基因型分别进行MHC亲和力预测；

(5)对所有亲和力预测结果进行统计获得潜在新生抗原肽段；

(6)对每条所述潜在新生抗原肽段回溯其突变位点，若所述位点位于COSMIC数据库中，则将该位点纳入设计范围，若所述位点位于Cancer Gene Census基因列表上所列基因上，也将该位点纳入设计范围；

(7)计算基因组上每个外显子包含的设计位点数量，并按所述设计位点数量由高到低排序，选取总大小为设定大小的外显子作为芯片捕获区域；和

(8)根据所述芯片捕获区域设计所述捕获探针；

优选地，所述靶向捕获区域包括如下表1所示的基因的捕获区域：

表1