[发明专利]一种鉴定茭白表型特征的分子标记及其应用、获取方法

说明书

一种鉴定茭白表型特征的分子标记及其应用、获取方法，属于分子生物学技术领域。该鉴定茭白表型特征的分子标记包括分子标记UeG1、UeG2、UeG3、UeG4、UeG5和UeG6。本发明通过SNP标记筛选灰茭，可以对正常茭白提早选择，减少工作量，提高筛选效率。

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，具体涉及一种鉴定茭白表型特征的分子标记及其应用、获取方法。

背景技术

茭白(Zizania latifolia Turcz.)为禾本科多年生宿根草本植物,原产于我国和东南亚地区，是我国的第二大水生蔬菜。茭白在我国早有栽培，西周之前，茭白的种子被作为粮食食用，后因发现其茎部被菰黑粉菌(Ustilago esculenta)感染而形成的菌瘿不仅可以食用，而且肉质肥嫩、口感极佳，而被当成一种蔬菜食用，唐朝末期开始被作为一种蔬菜广泛种植。除了作为蔬菜，茭白也可药用，具有利尿止渴、清热解毒之功效。田间茭白一般以正常茭(white Jiaobai)的形式存在，但由于水温、种植模式、管理模式、光照等原因，会产生一定量的灰茭(Grey Jiaobai)。灰茭由于茎部聚集大量灰孢子，导致其口感下降，茭白品质下降，一般不可食用。因此田间去除灰茭，是茭白田间管理的一大重点。然而灰茭的产生是随机的不可预见的，因此在茭白苗期对茭白进行表型鉴定有利于提早选择高品质的正常茭，降低田间灰茭率，使茭白收益提高。

SNP标记的原理是：生物体内经常发生单核苷酸变异(缺失，插入，移码)，这种变异的结果成为单核苷酸多态性。尽管SNPs大多位于非编码区，但与生物体表型有非常密切的关系。随着高通量测序技术的发展，大量的SNPs被解析出来，也极大地推动了基因组层面评估遗传多样性的研究。由于SNP数据量非常庞大，因此基于SNP开发的分子标记具有较高的精准度。

发明内容

针对现有技术存在的问题，本发明的目的在于设计提供一种鉴定茭白表型特征的分子标记及其应用、获取方法的技术方案。本发明通过对茭白内生菰黑粉菌作SNP扫描，筛选出多个与茭白表型特征相关的分子标记，从而建立起茭白表型筛选分子标记辅助选择体系，提高正常茭的选择效率，为茭白高效选育奠定基础。

所述的一种鉴定茭白表型特征的分子标记，其特征在于包括分子标记UeG1、UeG2、UeG3、UeG4、UeG5和UeG6，所述分子标记UeG1的正向引物UeGSNP1-F核苷酸序列如SEQ IDNO.1所示，反向引物UeGSNP1-R核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述分子标记UeG2的正向引物UeGSNP2-F核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物UeGSNP2-R核苷酸序列如SEQ IDNO.4所示；所述分子标记UeG3的正向引物UeGSNP3-F核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，反向引物UeGSNP3-R核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；所述分子标记UeG4的正向引物UeGSNP4-F核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，反向引物UeGSNP4-R核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；所述分子标记UeG5的正向引物UeGSNP5-F核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示，反向引物UeGSNP5-R核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；所述分子标记UeG6的正向引物UeGSNP6-F核苷酸序列如SEQ ID NO.11所示，反向引物UeGSNP6-R核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示。

所述的分子标记在茭白育种中的应用。

所述的分子标记在茭白育种中鉴定茭白表型特征中的应用。

所述的分子标记的获得方法，其特征在于包括以下步骤：

a、茭白表型特征的鉴定：选取不同地区不同表型的茭白品种并记录；

b、群体分析

1)分离培养茭白中的菰黑粉菌；

2)CTAB法提取菰黑粉菌基因组DNA；