[发明专利]一种鉴定茭白表型特征的分子标记及其应用、获取方法

权利要求书

1.一种鉴定茭白表型特征的分子标记，其特征在于包括分子标记UeG1、UeG2、UeG3、UeG4、UeG5和UeG6，所述分子标记UeG1的正向引物UeGSNP1-F核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，反向引物UeGSNP1-R核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示；所述分子标记UeG2的正向引物UeGSNP2-F核苷酸序列如SEQ ID NO.3所示，反向引物UeGSNP2-R核苷酸序列如SEQ ID NO.4所示；所述分子标记UeG3的正向引物UeGSNP3-F核苷酸序列如SEQ ID NO.5所示，反向引物UeGSNP3-R核苷酸序列如SEQ ID NO.6所示；所述分子标记UeG4的正向引物UeGSNP4-F核苷酸序列如SEQ ID NO.7所示，反向引物UeGSNP4-R核苷酸序列如SEQ ID NO.8所示；所述分子标记UeG5的正向引物UeGSNP5-F核苷酸序列如SEQ ID NO.9所示，反向引物UeGSNP5-R核苷酸序列如SEQ ID NO.10所示；所述分子标记UeG6的正向引物UeGSNP6-F核苷酸序列如SEQID NO.11所示，反向引物UeGSNP6-R核苷酸序列如SEQ ID NO.12所示。

2.如权利要求1所述的分子标记在茭白育种中的应用。

3.如权利要求1所述的分子标记在茭白育种中鉴定茭白表型特征中的应用。

4.如权利要求1所述的分子标记的获得方法，其特征在于包括以下步骤：

a、茭白表型特征的鉴定：选取不同地区不同表型的茭白品种并记录；

b、群体分析

1)分离培养茭白中的菰黑粉菌；

2)CTAB法提取菰黑粉菌基因组DNA；

3)将47个不同表型特征的茭白的菰黑粉菌基因组DNA进行基因组二代重测序；

4)扫描得到所有SNP；

5)筛选出在正常茭白菰黑粉菌和灰茭菰黑粉菌的差异SNP位点；

6)选取36个采集自不同地区的茭白分离菰黑粉菌对筛选得到的SNP位点进行验证；

c、使用其他具有表型特性的品种鉴定筛选的SNP位点并获得图谱；共获得6对具有表型筛选特性的分子标记UeG1、UeG2、UeG3、UeG4、UeG5和UeG6。

5.如权利要求4所述的分子标记的获得方法，其特征在于步骤a中茭白表型特征的鉴定具体为：从浙江省桐乡市、浙江省金华市、浙江省缙云县、浙江省余姚市、浙江省杭州市以及江苏省苏州市搜集不同品种的茭白，同品种茭白在同一块大田搜集正常茭和灰茭数个；采收时选取茭形完整、个头中等、茭叶无病害的茭白。

6.权利要求4所述的分子标记的获得方法，其特征在于所述的步骤b的1)中分离培养茭白中的菰黑粉菌具体为：

1)灰茭菰黑粉菌分离培养方法

a、用灭菌枪头挑取少量灰孢子，

b、涂布至YEPS培养基上培养3-5d；

2)正常茭菰黑粉菌分离培养方法

a、将茭白茎部切碎，置于无菌研钵中，加入1mL无菌水，细细研磨；

b、吸取200μL研磨后的混合液涂布至添加50μg/mL羧苄青霉素和50μg/mL卡那霉素的YEPS培养基中，28℃培养4-6d。

7.如权利要求4所述的获得方法，其特征在于步骤b的5)中筛选出在正常茭白菰黑粉菌和灰茭菰黑粉菌的差异SNP位点具体为：

a、将所有SNP数据标记为A、B两类，代表正常茭、灰茭两个表型。

b、计算机自动识别A、B两类所有的SNP并归类；输出格式为Genotyping*simple-A/B.txt.；数据内容为SNP_site a/b,a代表具有该SNP的个数，b代表一类的总个数。

c、将数据复制至Excel工作表，使用筛选功能，选取只在A类中为1，B类中为0的SNP。

8.如权利要求4所述的获得方法，其特征在于步骤b的6)中选取36个采集自不同地区的茭白分离菰黑粉菌对筛选得到的SNP位点进行验证具体包括：

a、将48个采集自不同地区的茭白进行研磨分离；

b、提取全部菰黑粉菌基因组DNA；

c、针对获得的SNP数据设计AS-PCR引物；

d、选取典型表型特征的茭白菰黑粉菌DNA进行AS-PCR验证，验证获得10个具有多态性的SNP位点；针对这10个SNP位点设计HRM检测扩增引物，即；

e、将48个茭白菰黑粉菌DNA用10对HRM引物扩增，PCR产物用于HRM检测；

f、用不同颜色的曲线标记表型特性。