[发明专利]一种基于飞行质谱平台的用于检测癫痫用药相关基因SNP位点的检测系统与应用

权利要求书

1.一种基于飞行质谱平台的用于检测癫痫用药相关基因的检测系统，其特征在于，所述检测系统含有6个工作单元，分别是(1)PCR反应单元、(2)PCR产物碱性磷酸酶处理单元、(3)单碱基延伸反应单元、(4)纯化单元、(5)芯片点样单元、(6)质谱检测及数据输出单元；所述(1)PCR反应单元含有SEQ ID NO.1-46所示的引物。

2.如权利要求1所述的检测系统，其特征在于，所述(3)单碱基延伸反应单元含有SEQID NO.47-69所示的单碱基延伸引物。

3.如权利要求1所述的检测系统，其特征在于，所述癫痫用药相关基因分别为SCN1A，SCN2A，GABRA1，ABCB1，ABCC2，EPHX1，UGT1A6/UGT1A4，UGT2B7，CYP2C9，CYP2C19。

4.如权利要求1-3任一所述的检测系统，其特征在于，其工作程序包括以下步骤：

(1)PCR反应单元：以待测样品的基因组DNA为模板，以SEQ ID NO.1-46所示的引物按照编码的奇数偶数两两顺序组合的方式，分别进行23次PCR反应；

(2)PCR产物中游离的dNTPs处理单元：去除PCR产物体系中游离的dNTPs；

(3)单碱基延伸反应单元：向步骤(2)处理过的PCR反应体系中加入单碱基延伸反应混合液进行单碱基延伸反应，所述延伸反应混合液中含有23条单碱基延伸反应引物，使用方式是每条单碱基延伸反应引物对应一对特异引物扩增的PCR产物；

(4)纯化单元：将(3)单碱基延伸反应单元的产物进行纯化；

(5)芯片点样单元：将纯化后的单碱基延伸反应产物移至芯片点样；

(6)质谱检测及数据输出单元：点样后的芯片使用MALDI-TOF质谱仪分析，获得基因分型图。

5.如权利要求4所述的检测系统，其特征在于，步骤(1)中PCR反应条件为：94℃预变性5min；94℃20s，56℃30s，72℃60s，45个循环；72℃延伸3min。

6.如权利要求4所述的检测系统，其特征在于，步骤(3)中单碱基延伸反应混合液由水、iPLEX试剂、iPLEX终止试剂、单碱基延伸引物、iPLEX酶组成；所述单碱基延伸反应条件为：

(a)94℃预变性5min；

(b)94℃5s；

(c)52℃30s，80℃5s，共5个循环；

重复步骤(b)和(c)，共40个循环；

(d)72℃延伸3min。

7.如权利要求4-6任一所述的检测系统，其特征在于，(6)中根据基因分型图中每个待测样品23个热点变异位点的基因型别判断癫痫相关基因是否发生突变。

8.一种用于检测癫痫用药相关基因突变的检测试剂盒，其特征在于，含有23对特异性引物和23条单碱基延伸引物；所述23对特异性引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-46所示，引物按照编码SEQ ID NO.1、24，SEQ ID NO.2、25，依次类推将23对引物按此顺序组合的方式成对；所述23条单碱基延伸引物的核苷酸序列如SEQ ID NO.47-69所示，且根据编码顺序依次与前述23对特异性引物逐一对应搭配使用。

9.一种引物组合在制备用于检测癫痫用药相关基因突变检测试剂盒中的应用，所述引物组合含有23对特异性引物和23条单碱基延伸引物；所述23对特异性引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.1-46所示，引物按照编码SEQ ID NO.1、24，SEQ ID NO.2、25，依次类推将23对引物按此顺序组合的方式成对；所述23条单碱基延伸引物的核苷酸序列如SEQ IDNO.47-69所示，且根据编码顺序依次与前述23对特异性引物逐一对应搭配使用。

10.权利要求1-7任一所述的检测系统或权利要求8所述的检测试剂盒在指导癫痫用药中的应用。