[发明专利]用于预测直肠癌局部切除手术后复发风险的组合物、微阵列和计算机系统

说明书

本发明公开用于预测直肠癌局部切除手术后复发风险的组合物、微阵列和计算机系统。本发明采用微阵列芯片的方式，针对中国人群筛选出特定的直肠癌术后复发标记基因，并绘制出特定的直肠癌术后复发评估模型，并根据研究结果定制该直肠癌术后复发标记基因微阵列芯片，用于中国人群直肠癌患者术后复发评估的临床诊断、评估。

技术领域

本发明涉及生物医学领域，具体涉及预测直肠癌局部切除手术后复发风险的组合物、微阵列和计算机系统。

背景技术

结直肠癌(colorectalcancer，CRC)是起源于结直肠黏膜上皮的恶性肿瘤，是全球第三大常见恶性肿瘤，也是全球癌症死亡率最高的第四大常见原因。我国每年结直肠癌新发病例超过25万，死亡病例约14万，新发和死亡病例均占全世界同期结直肠癌病例的20％。鉴于直肠位置偏低，其可移除的癌前病变不彻底，疾病复发风险极高。因此，建立有效的直肠癌风险评估方法降低我国直肠癌的发病率和死亡率是刻不容缓解决的重大临床问题。

中早期结直肠癌患者通常是采用手术切除病灶，从而有效控制肿瘤的进一步发展和扩散。结直肠癌往往术后两年发生血行转移而复发，而旨在消灭体内微小残留病变的术后辅助化疗可以降低复发率，提高患者的长期生存率。因此，术后患者需要密切关注肿瘤的转移复发，及时采取有效的诊疗方案防治疾病进展。常见的直肠癌诊断方法包括：粪便隐血试验、直肠指诊、直肠镜、乙状结肠镜、纤维结肠镜、影像学检查以及CEA癌胚抗原的检测。这些筛查手段都有各自的局限性，检测灵敏度低或者不易频繁检测等等。鉴于当前高通量检测技术的快速发展，基于血液生物标记物的检测的研究也是层出不穷。首先，体外血液检查是安全的和微创的。其次，不需要饮食限制，结肠清洁或镇静。第三，样品采集和处理程序可能更容易和更方便。此外，没有微生物群落可能降解生物标志物或妨碍分析。因此，可以通过外周血检测及时预测直肠癌的复发风险，提高检测的准确性，从而挽救生命。

针对结直肠癌的筛查、诊断技术方法，研究最多的是septin9甲基化的研究。研究证实，septin9筛查出结直肠癌的敏感性约70％，特异性在90％左右。然而，DNA微阵列技术可以同时量化数千个基因的表达，并且可以比单个基因标记更好地探究导致直肠肿瘤发生和进展的复杂生物学机理。使用DNA微阵列技术鉴定用于CRC检测的基于血液的基因表达特征的报道层出不穷。Han及其同事报道了5基因的结直肠癌表达特征，检测敏感性为88％，特异性为64％；Marshall等人则发表了结直肠癌7基因表达特征，检测灵敏度为72％，特异性为70％。Rosenthal等人还报告了一组202个结直肠癌表达相关基因，其检测敏感性为90％，特异性为88％。

然而，目前结直肠癌的研究报道主要以欧美人群数据为基础，亚洲人群或者中国人群的报道数据并不详实。

发明内容

鉴于上述现状，本发明针对中国人群中直肠癌患者进行相关直肠癌术后复发标记基因的筛选，建立相应的术后复发评估模型，并进一步定制出中国直肠癌患者人群特有的术后复发检测的方案。至少基于此完成了本发明。具体地，本发明包括以下内容。

本发明的第一方面，提供一种用于预测直肠癌局部切除手术后复发风险的组合物，其包括特异性结合至选自由WDR43、RAB31、FASN、TYMS、SNX2、DAP3、MRPS18C、FANCL、CIDECP、HNRNPH1和CMSS1组成的组中的基因的部分连续序列的寡核苷酸。

在某些实施方案中，本发明的连续序列为对应基因的保守序列。

在某些实施方案中，本发明的寡核苷酸被设计为能够将其一末端固定结合至基材，且至少部分序列能够特异性结合至选自由WDR43、RAB31、FASN、TYMS、SNX2、DAP3、MRPS18C、FANCL、CIDECP、HNRNPH1和CMSS1组成的组中的基因的部分连续序列，从而能够在样品中捕获所需的基因。

本发明的第二方面，提供一种用于预测直肠癌局部切除手术后复发风险的微阵列，其包括本发明的组合物和基材，所述基材的表面具有多个相互独立设置的多个位点。