[发明专利]一种肿瘤化疗药个体化基因检测试剂盒、引物及方法

说明书

本发明公开了肿瘤化疗药个体化基因检测试剂盒、引物及方法。本发明针对肿瘤化疗药个体化基因的13个多态性位点设计了特异性引物组，并提供了肿瘤化疗药个体化基因检测试剂盒，本发明的试剂盒和特异性引物组能够快速、准确、一次性检测13个肿瘤化疗药个体化基因多态性位点，并且利用特异性引物进行多重PCR建库的均一性、重复性、建库成功率、文库测序数据利用率、检测准确性均非常理想。

技术领域

本发明属于基因检测领域，更具体地涉及一种肿瘤化疗药个体化基因检测试剂盒、引物及方法。

背景技术

药物效应存在个体化差异，其影响因素包括生理性因素，病理性因素、环境因素和遗传因素，其中遗传因素主要取决个体基因多态性，包括单核苷酸多态性和拷贝数多态性，这些多态性会通过药物代谢酶、药物转运蛋白、药物受体、致病基因等方面影响药代动力学和药效动力学，进而导致药物疗效和毒性的个体化差异。传统的医疗模式是根据患者病情，制定治疗方案，治疗的结果可能会出现有效、无效和不良反应三种情况，如果利用个体化的医疗模式，在制定治疗方案前对个体化基因进行检测，从而确定最佳治疗方案，能够大大提高药物的有效率。

化疗是肿瘤治疗的常用手段，但是化疗患者仍会出现化疗效果不佳或毒副作用较大的情况，对于肿瘤治疗后复发或转移的患者，还会存在原有化疗方案无效的情况，如果能对化疗患者进行化疗药个体化基因的检测，从而针对性的提供化疗个体化方案，对于减少患者治疗负担，提高化疗的有效性非常有益。

新一代高通量目标序列捕获测序技术的发展已被广泛的应用于各类生物学研究和医学研究中。相比探针捕获，应用多重PCR捕获目标序列具有操作简单、成本低，短时间大量富集目标DNA序列等显著优势，大大缩短了检测流程和检测时间。然而，一般来说，多重PCR拟捕获目标区域越多，则扩增的特异性、准确性、均一性越低，多重PCR捕获技术的实现难度越大。

发明内容

本发明的目的在于提供一种肿瘤化疗药个体化基因检测试剂盒、引物及方法。

本发明所采取的技术方案是：

本发明提供了一种肿瘤化疗药个体化基因检测试剂盒，包括：检测肿瘤化疗药个体化基因的特异性引物组；所述特异性引物组包括针对下述13个多态性位点进行设计的特异性引物：CDA基因的rs2072671、rs60369023，DPYD基因的rs3918290，MTHFR基因的rs1801133，UGT1A1基因的rs8175347，ABCB1基因的rs1045642、rs2032582，GSTP1基因的rs1695，CYP19A1基因的rs4646，XRCC1基因的rs25487、rs1799782，ERCC1基因的rs11615，CYP2D6基因的rs1065852。

作为上述试剂盒优选的，所述特异性引物组包括SEQ ID NO:1～SEQ ID NO:26所示的特异性引物。

根据建库需求，所述特异性引物组中的每条特异性引物5’端还连接有建库测序所需的通用序列。所述通用序列选自公共引物、接头、特异性标签。其中，公共引物的作用是通过PCR使目标片段与接头和特异性标签连接；特异性标签则用于区分样本，在文库构建时，不同样本用不同的特异性标签的去标记，从而实现高通量。以上建库测序所需的通用序列需要根据平台建库需求选用，例如，可以在特异性引物的5’端只连接公共引物，并且在测序接头的3’连接公共引物，标签接头的3’端连接公共引物，可通过PCR扩增获得“测序接头-公共引物-目的片段-公共引物-标签接头”的扩增子文库；再如，在特异性引物的5’端直接连接标签和接头，可通过PCR扩增直接获得带有特异性标签和接头的扩增子文库，此外，在特异性引物的5’端只连接标签，可通过PCR扩增获得带有特异性标签的扩增子文库，经接头连接后再进行测序；本领域技术人员应当知晓，特异性引物5’端连接建库测序所需的通用序列的方式不限于此。

本发明还提供一种肿瘤化疗药个体化基因检测引物组，如上述试剂盒中的特异性引物组所述。