[发明专利]用于人源粪便DNA甲基化分析的核酸纯化方法有效

专利信息
申请号: 201811458096.0 申请日: 2018-11-30
公开(公告)号: CN109439726B 公开(公告)日: 2021-11-02
发明(设计)人: 王美丛;刘晶;秦楠 申请(专利权)人: 上海锐翌生物科技有限公司
主分类号: C12Q1/6806 分类号: C12Q1/6806
代理公司: 北京清亦华知识产权代理事务所(普通合伙) 11201 代理人: 赵天月
地址: 201114 上海市闵行区*** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 用于 粪便 dna 甲基化 分析 核酸 纯化 方法
【权利要求书】:

1.一种获得用于DNA甲基化分析的核酸样本的方法,其特征在于,包括:

将初始人源粪便核酸样本与亚硫酸盐试剂以及保护剂进行第一混合处理;

将第一混合处理产物在温度为94~96℃的条件下进行5~15分钟的变性处理;

将变性处理产物在温度为75~80℃的条件下进行40~50分钟的转化处理;

将转化处理产物与磁珠以及第一洗液进行第二混合处理;

将第二混合处理产物在温度为21~25℃、转速为900~1100 rpm的条件下进行45~60分钟的第一孵育处理;

将第一孵育处理产物进行第一离心处理,以便获得第一离心沉淀物;

将所述第一离心沉淀物与第二洗液进行第三混合处理;

将第三混合处理产物进行第二离心处理,以便获得第二离心沉淀物;

将所述第二离心处理沉淀物在室温条件下静置干燥3~5分钟;

将干燥处理产物与洗脱液进行第四混合处理;

将第四混合处理产物在室温条件下进行5~10分钟的第二孵育处理;

将第二孵育处理产物进行第三离心处理,以便获得上清液,所述上清液中包含用于DNA甲基化分析的核酸样本;

其中,所述初始人源粪便核酸样本是以将DNA溶于水或TE缓冲液的形式提供的,所述初始人源粪便核酸样本的质量为0.1~2μg,所述初始人源粪便核酸样本的体积为10~100μL,

所述亚硫酸盐试剂是以溶于水的形式提供的,基于所述亚硫酸盐试剂水溶液的总体积,亚硫酸氢钠的质量体积分数为40-50%,亚硫酸钠的质量体积分数为8-12%,氢氧化钠的浓度为0.1-0.2mol/L,所述亚硫酸盐试剂水溶液的总体积为150-300μL,

所述保护剂是6 -羟基-2,5,7,8 甲基-苯并二氢吡喃- 2 -羧酸和对苯二酚的二乙二醇二甲醚溶液,基于所述保护剂的总体积,所述6 -羟基-2,5,7,8 甲基-苯并二氢吡喃- 2-羧酸的质量体积分数为8-12%,所述对苯二酚的质量体积分数为5~10%,所述保护剂的总体积为25-50μL,

所述磁珠是以分散于水中的形式提供的,所述磁珠的水分散液的总体积为50~100μL,基于所述磁珠的水分散液的总体积,所述磁珠的质量体积浓度为45~55mg/mL,所述磁珠为超顺四氧化三铁颗粒或超顺三氧化二铁颗粒,所述磁珠的外表面包被有二氧化硅,所述二氧化硅修饰有羧基;

基于所述第一洗液的总体积,所述第一洗液包括5-20%的聚乙二醇,5-10%的氯化钠,0.1-0.2mol/L的乙酸钠,2-5mmol/L的乙二胺四乙酸,2-5mmol/L的三羟甲基氨基甲烷,10-20mmol/L的异硫氰酸胍,40-50%的无水乙醇以及余量的水,

所述第二洗液为体积浓度为70-80%的无水乙醇的水溶液,

所述洗脱液为无核酸酶DEPC水,所述洗脱液的体积为45~55μL。

2.根据权利要求1所述的方法,其特征在于,所述第一洗液的总体积为800-1000μL,所述第二洗液的总体积为400~600μL。

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