[发明专利]一种与绿壳蛋胆绿素含量相关的CNV标记方法与应用

说明书

本发明涉及分子遗传学研究领域，具体涉及一种与绿壳蛋胆绿素含量相关的CNV标记方法与应用，所述CNV标记是指鸡ADCY10基因候选区域的拷贝数变异；以绿壳蛋鸡基因组DNA为模板，以目标基因引物对P1和参照基因引物对P2为引物，通过实时荧光定量PCR分别扩增ADCY10基因CNV区域和对照基因，根据定量结果分析ADCY10基因CNV拷贝数，根据拷贝数的高低进行蛋壳色素性状的选育；本发明发现ADCY10基因的拷贝数与绿壳蛋鸡中的蛋壳胆绿素含量呈显著正相关，该拷贝数变异的检出为选育改善绿壳蛋鸡的绿壳表型性状提供了科学依据，且该CNV标记不受个体性别、年龄等限制。

技术领域

本发明涉及分子遗传学研究领域，具体涉及一种与绿壳蛋胆绿素含量相关的CNV标记方法与应用。

背景技术

研究发现，鸡绿壳蛋色的形成是由SLCO1B3基因上游EAV-HP序列(一种内源病毒的部分序列)的插入引起。然而，同为绿壳，不同个体绿壳深浅不一，绿壳表型差异仍然很大。绿壳色素的沉积量受SLCO1B3基因外的其他基因控制。探寻鸡基因组中与绿壳色素沉积量相关的变异位点或功能基因，可用于绿壳蛋鸡的品种选育，通过标记基因的辅助选育，改善绿壳蛋表型性状，具有重要经济意义。

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是基因组中重要的结构变异形式，它通过剂量效益、位置效应、基因融合、基因阻断等机制影响基因和表型，在畜禽中已经发现了一些与畜禽性状显著相关的CNVs，可从拷贝数变异角度探寻影响绿壳蛋色素差异的CNVs标记或功能基因，将CNVs作为一个分子遗传标记应用于绿壳蛋色素表型的分子选育。

到目前为止，还未发现影响绿壳蛋胆绿素含量或绿壳颜色深浅的功能基因或CNVs标记的相关报道。ADCY10的英文全称是adenylate cyclase type 10，中午全称是腺苷酸环化酶10，还未发现相关文献报道关于ADCY10基因拷贝数变异与鸡蛋胆绿素含量之间的关联性。本发明发现了ADCY10基因拷贝数变异与绿壳胆绿素的关联性，建立绿壳蛋鸡绿壳色素的ADCY10 CNV分子标记检测和辅助选育方法，可改善绿壳蛋鸡绿壳性状，并实现早期选种、不限性别以及提高选育准确性等目的。

发明内容

本发明为解决上述技术问题，提供了一种与绿壳蛋胆绿素含量相关的CNV标记方法与应用。本申请发现ADCY10基因拷贝数显著影响绿壳蛋鸡中绿壳的胆绿素含量，该拷贝数变异的检出为绿壳蛋鸡的分子辅助选育提供了科学依据。

为了达到上述目的，本发明采用以下技术方案：

本发明的一种与绿壳蛋胆绿素含量相关的CNV标记方法，所述CNV标记是指鸡ADCY10基因候选区域的拷贝数变异。具体地，所述CNV标记位于ADCY10基因鸡参考基因组序列(GenBank Chromosome Z,NC_006127.5)所示序列的73664882bp-73668141bp区域内。

本发明的一种与绿壳蛋胆绿素含量相关的CNV标记方法，是以绿壳蛋鸡基因组DNA为模板，以目标基因引物对P1(F1、R1)和参照基因引物对P2(F2、R2)为引物，通过实时荧光定量PCR分别扩增ADCY10基因CNV区域和对照基因，根据定量结果分析ADCY10基因CNV拷贝数。

本发明提供用于扩增所述CNV标记的引物对包括用于定量PCR扩增ADCY10基因的拷贝数变异区域的引物对P1以及扩增作为内参的GAPDH基因部分片段的引物对P2；引物对可高特异性地扩增目标片段。

所述的引物对P1为：

上游引物F1:CTTCAGTGCATCGGTGTGGAC

下游引物R1：CAAGGCCAAGGGCAACCTC

所述的引物对P2为：

上游引物F2:TCACAGCCACACAGAAGACG