[发明专利]一种确定肿瘤免疫治疗标志物的存储介质、设备及装置

说明书

本发明涉及生物领域，特别是涉及一种肿瘤免疫治疗的标志物。本发明提供一种存储有计算机程序的计算机可读存储介质，所述计算机程序被执行时可以实现方法步骤，所述方法步骤包括：获取个体的mRNA表达数据；根据个体的mRNA表达数据，基于GSVA算法获取抗原递呈指数(APS)；根据式I计算获得APS_normalized；根据式II计算获得肿瘤免疫原性指数(TIGS)。本发明所提供的TIGS可以预测泛癌免疫检查点抑制剂(ICI)客观反应率以及癌症病人ICI治疗后的临床效果。

技术领域

本发明涉及生物领域，特别是涉及一种肿瘤免疫治疗的标志物。

背景技术

以免疫检查点抑制剂(immune checkpoint inhibitors，ICI)(包括抗PD-1抗体，抗PD-L1 抗体，抗CTLA-4抗体或它们的组合)为代表免疫疗法的发展是癌症治疗邻域的革命性突破。常规癌症治疗方法(如放疗、化疗)对晚期已转移癌症往往束手无策，免疫治疗可以对部分晚期已转移癌症发挥非常显著的治疗效果。然而，大多数未经选择的患者不会对ICI做出反应。大多数肿瘤类型对PD-(L)1抑制的反应率低于40％，并且据报道每种肿瘤类型的反应率与每种肿瘤类型的肿瘤突变负荷(TMB)高度相关。据报道多种因素影响ICI有效性，包括：PD-L1表达，肿瘤突变负荷，DNA错配修复缺陷，细胞毒性T细胞浸润程度，突变特征，抗原呈递缺陷，干扰素信号传导，肿瘤非整倍性和T细胞基因表达特征。然而，这些因素都不足以实现准确的免疫治疗效果预测。

发明内容

鉴于以上所述现有技术的缺点，本发明的目的在于提供一种肿瘤免疫治疗的标志物，用于解决现有技术中的问题。

为实现上述目的及其他相关目的，本发明一方面提供一种存储有计算机程序的计算机可读存储介质，所述计算机程序被执行时可以实现方法步骤，所述方法步骤包括：

根据个体的mRNA表达数据，基于GSVA算法获取APS；

根据式I计算获得APS_normalized

根据式II计算获得TIGS

TIGS＝APS_normalized×ln(TMB+1) (式II)。

在本发明一些实施方式中，所述个体选自接受肿瘤免疫治疗的动物。

在本发明一些实施方式中，所述个体选自人类。

在本发明一些实施方式中，所述肿瘤免疫治疗包括免疫检查点抑制剂治疗。

在本发明一些实施方式中，所述肿瘤免疫治疗包括向个体施用抗PD-1抗体、PD-L1抗体、CTLA-4抗体中的一种或多种的治疗方法。

在本发明一些实施方式中，个体的mRNA表达数据和/或TMB来源于肿瘤样本。

在本发明一些实施方式中，所述肿瘤选自黑色素瘤、肺癌、尿路上皮癌、头颈癌、肾癌、淋巴瘤、前列腺癌、乳腺癌、神经胶质瘤、子宫颈癌、子宫内膜癌、食管癌、肝癌、间皮瘤、卵巢癌、胰腺癌、副神经节瘤、结肠癌、肉瘤、胃癌、睾丸生殖细胞肿瘤、甲状腺癌、或胸腺瘤。

在本发明一些实施方式中，用于计算APS的基因包括PSMB5、PSMB6、PSMB7、 PSMB8、PSMB9、PSMB10、TAP1、TAP2、ERAP1、ERAP2、CANX、CALR、PDIA3、 TAPBP、B2M、HLA-A、HLA-B和HLA-C中的至少14个基因。

在本发明一些实施方式中，APS_{pancan_min}＝-1～-0.86。

在本发明一些实施方式中，APS_{pancan_max}＝0.88～1。