[发明专利]胶质母细胞瘤危险分层模型及其在临床预后评估的应用

说明书

本发明提供一种建立癌症患者预后分层模型的方法。同时，本发明还提供一种胶质母细胞瘤患者预后风险评估系统。本发明还提供一种探针组，所述的探针组能够用于检测患者基因位点甲基化率，以预测胶质母细胞瘤患者预后风险，为病人预后及健康管理提供指导依据。

技术领域

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种胶质母细胞瘤患者预后风险分层模型和临床预后评估。

背景技术

胶质母细胞瘤(glioblastomas,GBM)是神经胶质瘤中危害最严重的亚类(WHOIV)，占所有脑胶质瘤发病人数的54％。GBM的1年生存率仅为1/3，其5年死亡率达到95％，在全身肿瘤死亡率排名中位列第三。近年研究发现1p/19q缺失、IDH1和TERT突变、H3F3A突变和MGMT启动子甲基化等基因分子事件对神经胶质瘤分型诊断和药物治疗具有参考指导价值，但目前这些生物标记物仅对低级别的神经胶质瘤(WHO II、III)的分型诊断具有指导价值，对危险级别最高的胶质母细胞瘤，临床评估还没有可行的风险分类生物标记物。

近年随着高通量技术应用的普及，发现全基因组范围内的联合生物标记物成为可能，具有很高的临床转化研究潜力。目前生物分子和病理特征可以区分神经胶质瘤的基本亚型，可评估低级别的神经胶质瘤亚型的临床预后。但针对母细胞瘤患者的临床预后，临床医生急需找到一个敏感性高、通用性好和特异性强的预后标志物，来帮助实现病人健康管理预警。基于全基因组甲基化芯片数据，研究发现两个预后模型(3和6-CpG)，但是由于数据平台异质性、样本数量限制、SNP及模型不包含非CpG探针等因素，使得该模型仅适用于较小的特征人群，并不能广泛适用于母细胞瘤患者。

现有技术CN106324248A公开了AQP1一种全新的人神经胶质瘤预后指标，所述指标包括：对特定细胞模型及临床样品的AQP1表达量进行测定以确定其与细胞增殖及侵袭力、β-catenin表达、肿瘤病理分级及组织学分级、总生存期(OS)及无进展生存期(PFS)等因素之间的关系，同时将AQP1表达量与患者预后效果相比较，以确定其作为患者辅助治疗中潜在预后标记物和药物靶标的重要性。

现有技术CN102408478A公开了一种人少突神经胶质瘤标志物MAP2蛋白及其用途，该MAP2蛋白可用作人少突神经胶质瘤的蛋白标志物，尤其能用作区分临床上具有化疗敏感的，1p等位基因杂合性缺失的人少突神经胶质瘤的蛋白标志物。该MAP2蛋白可用于准确预测具有90％的1p等位基因杂合性缺失，可用于少突神经胶质瘤1p缺失样品化疗敏感的机制研究，以及通过决策树模型等方式预测1p等位基因杂合性缺失的病人的化疗敏感性，为诊断和预后以及治疗提供靶点。

神经母细胞瘤的发病机理仍不明确，因此目前急需新的临床预后标志物来实现胶质母细胞瘤风险分类，以实现胶质母细胞瘤的精准治疗。

发明内容

针对于现有技术的不足，本发明提供一种建立胶质母细胞瘤患者预后分层模型的方法。

同时，本发明还提供一种胶质母细胞瘤患者预后风险评估系统。

本发明还提供一种探针组，所述的探针组能够用于检测患者基因甲基化位点甲基化率，以预测胶质母细胞瘤患者预后风险，为病人预后及健康管理提供指导依据。

一种用于提供信息以建立胶质母细胞瘤预后风险分层模型的方法，所述的方法包括如下步骤：

(1)、在TCGA数据库中选择胶质母细胞瘤的患者基因的甲基化位点的信息，利用单因素COX模型获得探针风险系数和相应p值，筛选出胶质母细胞瘤显著相关的甲基化探针组A，检测胶质母细胞瘤患者的基因甲基化位点的甲基化率，并且获得患者的生存时间信息；

(2)、从癌症相关体细胞突变位点数据库获得肿瘤相关基因和从OMIM获得胶质母细胞瘤相关基因，通过对比获得交集基因，获得上述交集基因对应的探针组B；