[发明专利]序列解析方法及装置、参照序列生成方法及装置及程序及记录介质

说明书

本发明旨在提供序列解析方法及装置、参照序列生成方法及装置及程序及记录介质。本发明旨在迅速并且有效率地定位读长序列。本发明的序列解析装置(1)具备：取得从核酸序列读取的多个读长序列的读长序列信息取得部(111)，及通过参照单一的参照序列比对各自的读长序列来确定核酸序列的测序部(113)，其中参照序列含至少第1重排序列、及与上述第1重排序列不同的第2重排序列。

【技术领域】

本发明涉及为了对基因的变异进行解析而由计算机实施的序列解析方法、序列解析装置、序列解析程序、及记录介质。

【背景技术】

以往、基因序列的解析在基础研究、临床研究、及医疗之任一者中也作为重要的工具活用。近年，第二代测序仪(NGS)登场，高速并且一并得到大量的基因序列信息变得可能，基因序列的解析变得在更广泛的领域活用。

作为活用基因序列的解析的技术的一例，可举出靶向测序。靶向测序是在基因组序列整体之中，仅限定于靶区域而确定碱基序列的方法。由靶向测序仅解析含遗传性疾病的关联基因、及癌关联基因等的靶区域的基因序列变得可能，可低抑制测序成本的同时，得到有用性高的解析结果。

例如，将与特定的疾病关联的基因上发生的多个变异使用第二代测序仪而详细并且高通量地进行解析的基因组合作为诊断疾病的工具确认到高的有用性。

在专利文献1中公开了，迅速并且有效率地定位由靶向测序得到的读长序列的方法。在专利文献1中记载的方法中，由于对于不是基因组整体而仅成为序列读取的对象的目标区域的参照序列而定位读长序列，计算效率提升。另外，由于防止与目标区域类似的读长序列错误定位在目标区域，在读长序列的比对中，也使用与参照基因组的目标区域类似的替代区域的参照序列。各自判断对于读取的读长序列的目标区域及替代区域的一致度，相比替代区域，在与目标区域类似时，读长序列定位在目标区域。

【现有技术文献】

【专利文献】

【专利文献1】特表2015-536661号公报

【发明的概要】

【发明要解决的课题】

但是，在成为解析对象的基因的序列中，有发生多态性、变异、及甲基化等的情况。例如，在发生称为缺损或插入的变异时，在使用无变异的目标区域的参照序列时，有比对精度降低的情况。

本发明旨在实现更正确地定位在序列中含多态性、变异、及亚硫酸氢盐处理后的甲基化胞嘧啶等的读长序列的序列解析方法及序列解析装置等。

【用于解决课题的手段】

为了解决上述的课题，本发明包括如下技术方案：

[1]解析核酸序列的序列解析方法，其特征在于，包括：取得从上述核酸序列读取的多个读长序列的取得步骤，及通过将各自的读长序列参照单一的参照序列比对来确定上述核酸序列的确定步骤，其中上述参照序列含至少第1重排序列、及与上述第1重排序列不同的第2重排序列。

[2][1]所述的序列解析方法，其特征在于，上述重排序列是含多态性、变异、及甲基化的至少1种的序列。

[3][2]所述的序列解析方法，其特征在于，上述多态性是串联重复序列多态性、微卫星、及单核苷酸多态性之中的任一者，上述变异是取代、缺失、及插入之中的任一者。

[4][1]所述的序列解析方法，其特征在于，在上述确定步骤中，将上述读长序列与上述参照序列比较，将上述读长序列定位在上述读长序列和上述参照序列的一致率最高的上述参照序列上的区域。

[5][1]所述的序列解析方法，其特征在于，还含生成含上述第1重排序列和上述第2重排序列的上述参照序列的参照序列生成步骤。