[发明专利]一种引物组的设计方法及其应用

权利要求书

1.一种引物组的设计方法，其特征在于，包括如下步骤：

(1)获取物种的抗体重链和/或轻链的种系基因数据和物种的基因组数据；

(2)引物选择区域定位：将抗体重链和/或轻链的种系基因比对到物种的基因组数据上，找到抗体FR1的起始位点，提取起始位点前的序列；

(3)候选引物库设计：对步骤(2)提取的起始位点前的序列进行切片，从5’端的第一个碱基开始，依次移位切取固定长度的引物序列，形成候选引物库；

(4)进行cluster聚类分析，筛选得到初始引物组；

所述聚类分析的方法为：通过Cd-hit软件，设置-c参数，将候选引物库序列按照-c参数设定进行聚类；

所述-c参数设置为0.8-1.0；

所述筛选的方法为：将cluster根据大小排序，选择前10-90的聚类，提取每个cluster的代表序列，筛选得到初始引物组；

(5)将初始引物组与抗体数据库比对，筛选得到最终引物组。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(1)所述物种包括人、小鼠、大鼠、兔、恒河猴、绵羊、猪、硬骨鱼类、软骨鱼类、鸭嘴兽、羊驼、食蟹猕猴、牛、狗或鸡中的任意一种或至少两种的组合。

3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(2)所述起始位点前的序列的长度范围为1-300bp。

4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(3)所述引物序列的固定长度范围为16-26bp。

5.根据权利要求4所述的方法，其特征在于，步骤(3)所述引物序列的固定长度范围为18-22bp。

6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(4)所述-c参数设置为0.9。

7.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，步骤(5)所述比对的方法为：将初始引物组与所对应物种的抗体数据库数据比对，得到每条序列在抗体库的覆盖度，将覆盖度按照大小排序，选取排名前10-40的引物作为最终引物组。

8.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，具体包括如下步骤：

(1)获取物种的抗体轻链和/或重链的种系基因数据以及物种的基因组数据；

其中，所述物种包括人、小鼠、大鼠、兔、恒河猴、绵羊、猪、硬骨鱼类、软骨鱼类、鸭嘴兽、羊驼、食蟹猕猴、牛、狗或鸡中的任意一种或至少两种的组合；

(2)引物选择区域定位：将抗体重链和/或轻链的种系基因比对到物种抗体所在染色体的基因组数据上，找到抗体FR1的起始位点，提取起始位点前1-300bp的序列；

(3)候选引物库设计：对步骤(2)提取的起始位点前的序列进行切片，从5’端的第一个碱基开始，依次移位切取固定长度的引物序列，引物的长度范围为18-22bp，形成候选引物库；

(4)进行cluster聚类分析，筛选得到初始引物组；

所述聚类分析的方法为：通过Cd-hit软件，设置-c参数，将候选引物库序列按照-c参数设定进行聚类；

所述-c参数的大小设置为0.9；

所述筛选的方法为：将cluster根据大小排序，选择前10-90的聚类，提取每个cluster的代表序列，筛选得到初始引物组；

(5)将初始引物组与所对应物种的抗体数据库比对，得到每条引物在抗体库的覆盖度，将覆盖度按照大小排序，选取排名前10-40的引物作为最终引物组。

9.一种采用如权利要求1-8中任一项所述方法设计得到的人B细胞免疫组库重链引物组，其特征在于，所述引物组的序列包含如SEQ NO.1-SEQ NO.16所示序列。

10.根据权利要求9所述的人B细胞免疫组库重链引物组，其特征在于，所述引物组的序列包含如SEQ ID NO.1-SEQ ID NO.16所示序列中的任意十五条引物序列。