[发明专利]一种用于辅助检测小麦高单穗小穗数性状的标记及其应用

说明书

本发明的目的在于提供一种用于辅助检测小麦高单穗小穗数性状的标记及其应用，该SNP标记位于六倍体普通小麦基因组的3D染色体上第553937825位核苷酸，该SNP标记在高单穗小穗数小麦材料中碱基为G，在低穗粒数材料中碱基为A。本发明的有益效果是该标记为共线性标记，通过酶切带型可准确进行分型；通过对164个个体进行分型检测，准确率到达85％。

技术领域

本发明属于小麦遗传育种技术领域，涉及一种用于辅助检测小麦高单穗小穗数性状的SNP（Single Nucleotide Polymorphism)标记及其应用。

背景技术

小麦属于禾本科(Gramineae)，小麦族(Triticeae)，小麦属(Triticum)，是世界上最重要和栽培范围最广的粮食作物之一，为全世界约35%的人口提供了重要的能量摄入及蛋白质来源。然而随着人口增长，气候变化、可用耕地的减少，粮食危机正在变的越来越严重，因此小麦的高产、稳产始终是世界各国的研究重点。单位面积穗数，单穗粒数，千粒重是小麦产量构成的三大要素。因此，穗粒数高低与小麦产量关系密切，也是小麦品种遗传改良的主要目标之一。穗粒数是由单穗小穗数和平均小穗粒数共同决定。高单穗小穗数的小麦材料具有更好的籽粒产量潜力，因此是高产小麦品种选育过程中重点关注的性状。然而，与许多产量相关性状一样，单穗小穗数往往受多基因控制，并且受到各种环境条件影响。因此，使用传统育种方法进行选择往往工作量大，效率低下。

随着高通量测序技术、基因芯片检测技术的发展，以及随之而来的小麦基因组学方面的重大突破，为数量性状位点的精细解析和分子标记的开发提供了坚实的基础，也为基于分子标记辅助选择进行小麦遗传改良提供了可能。在本研究中，我们利用自主选育的具有高单穗小穗数的小麦品种K1（两年三个环境平均单穗小穗数为24.8）与较低穗粒数高千粒重品种CM42(两年三个环境平均单穗小穗数为21.9)进行杂交，构建了DH群体。利用QTL定位和集群分离法（BSA)在3D染色体上定位到一个来源于K1且控制高单穗小穗数的基因位点。目前尚未在该区段发现已知的高单穗小穗数基因位点报道，因此其可能是一个新的基因位点。我们进一步将所获得的连锁的SNP位点转化为基于酶切位点识别的CAPS标记对具有164个DH家系进行筛选，获得一个与高单穗小穗数紧密连锁的分子标记。因此，该标记在分子标记辅助选择中具有重要的应用前景。

发明内容

本发明的目的在于提供一种用于辅助检测小麦高单穗小穗数性状的标记及其应用，解决了目前采用常规育种方法工作量大、周期长、效率低、稳定性差等问题。

发明的方案之一是提供了一种与小麦高单穗小穗数性状相关的SNP标记，该SNP标记位于六倍体普通小麦（Triticum aestivum L.) 基因组的3D染色体上第553937825位核苷酸，其侧翼序列如SEQ ID NO.1：

SEQ ID NO.1：