[发明专利]一种用于检测多靶点基因突变、甲基化修饰和/或羟甲基化修饰的检测探针、方法和试剂盒

说明书

本发明提供了一种检测探针，所述检测探针包括至少一个捕获探针，所述捕获探针从5’端到3’端的序列依次包括前序序列、探针随机标签序列和目标互补序列，所述前序序列如SEQ ID NO:1所示，所述探针随机标签序列由0‑12个随机碱基组成，所述目标互补序列包括至少10个连续的与待检测基因互补的碱基。该检测探针用于多靶点基因突变、甲基化修饰和/或羟甲基化修饰的检测，对待检测基因含量要求低，有效避免待检测基因长度和含量对检测的干扰，有利于降解度高、片段化严重的基因的检测，且检测成本低、效率高、应用范围广。

技术领域

本发明涉及医学生物领域，特别涉及一种用于检测多靶点基因突变、甲基化修饰和/或羟甲基化修饰的检测探针、方法和试剂盒。

背景技术

目标基因的遗传变异、甲基化修饰或羟甲基化修饰的多位点/区域检测，对于疾病发生的分子机制探索、分子标记物的筛查鉴定、辅助患者诊断及用药指导具有重要的科学和临床意义。此外，对于分析并获得珍稀或濒临灭绝样本的遗传信息，建立遗传信息数据库同样不可或缺。但是，由于大多情况下样本的 DNA获取量较低，片段差异较大，不利于文库的建立。例如，cfDNA(cell free DNA)是游离于细胞外的DNA，片段长度通常在150bp左右，来源于体内不同器官的细胞凋亡或组织病理坏死，因此携带了各器官或组织的所有遗传变异信息，是科学和医学界广泛关注热点。但是，健康个体每毫升血液含有0-100ng cfDNA，即便是晚期肿瘤患者，由于大量肿瘤细胞的凋亡和坏死，其cfDNA平均含量也仅为180ng/mL；其次，cfDNA在提取的过程中不可避免的污染有血液中其他基因组DNA，传统多重PCR扩增技术无法排除基因组DNA的污染，影响后续数据的判读。

近些年来，应用最为广泛的靶基因多位点/区域检测技术包括杂交捕获技术、 PCR技术和分子倒置探针技术。杂交捕获技术包括液相杂交技术 (CN102796808B；CN103103624B)和固相杂交技术，其对于DNA的量要求较高，通常需要1μg，捕获探针合成成本较高，整个实验周期和流程较长。PCR技术中多采用多重PCR技术(CN108103181A；CN108085395A)，对于严重降解的 DNA片段进行扩增时，很难保证上下游引物可以同时落在同一DNA片段上；对于被污染的片段，无法判断其扩增产物的实际来源等。分子倒置探针技术 (WO2013173774A2)是一种大规模检测基因SNP突变的技术手段，可以完成数万DNA片段的扩增和检测，但是其缺陷性跟PCR扩增技术基本相同，难以判别PCR引入的重复、双端探针同时落在同一条DNA链。

因此，需要一种可以避免样本含量和长度以及外界污染干扰的多靶点基因突变、甲基化修饰和/或羟甲基化修饰的检测方法。

发明内容

有鉴于此，本发明提供了一种用于检测多靶点基因突变、甲基化修饰和/或羟甲基化修饰的检测探针、接头、检测方法和试剂盒，可以高效、准确、特异性的检测基因突变、甲基化修饰和/或羟甲基化修饰，对用药指导、疾病预测、疾病预后评估、个人基因组解读检测等起到重要的辅助作用。

第一方面，本发明提供了一种检测探针，所述检测探针包括至少一个捕获探针，所述捕获探针从5’端到3’端的序列依次包括前序序列、探针随机标签序列和目标互补序列，所述前序序列如SEQ ID NO:1所示，所述探针随机标签序列由 0-12个随机碱基组成，所述目标互补序列包括至少10个连续的与待检测基因互补的碱基。

可选的，所述目标互补序列包括18-60个与待检测基因互补的碱基。