[发明专利]一种PLAGL1基因SNP标记辅助快速检测黄牛生长性状的方法及其应用

说明书

本发明公开了一种PLAGL1基因SNP标记辅助快速检测黄牛生长性状的方法及其应用。以黄牛基因组DNA为模板，通过PCR扩增获得黄牛PLAGL1基因部分片段；将PCR产物经限制性内切酶Nde1消化后，进行琼脂糖凝胶电泳；根据电泳结果鉴定黄牛PLAGL1基因第95141位的SNP。本发明所检测的黄牛PLAGL1基因的SNP位点的基因型，可作为与牛生长性状密切相关的分子遗传标记，用于黄牛的分子标记辅助选择，推动良种牛繁育进程。

技术领域

本发明属于分子遗传学领域，涉及黄牛基因单核苷酸多态性(SNP)作为分子遗传标记的筛选与检测，特别涉及一种检测黄牛PLAGL1基因单核苷酸多态性的方法及其应用。

背景技术

分子遗传标记，也就是DNA水平上遗传多态性的标记，它可以直接反映DNA序列上的遗传变异。因其来源于DNA序列差异，所以又叫分子标记，在生物群体中具有遗传多样性高、稳定性强且受环境影响小的特点。分子标记辅助选择育种是现代动物分子育种的一项主要研究内容，因其直接在DNA水平上对性状的基因型进行选择，所以使选种的准确性大大提高，弥补了传统动物育种方法的缺陷。

单核苷酸多态性(SNP)是一种重要的分子遗传标记，主要是指由于DNA序列中某个核苷酸的改变而引起的基因组水平上的序列多态性，形式主要为单个核苷酸的转换及颠换。SNP同其它分子标记相比，有覆盖基因组范围大、密度高、分辨率高、遗传稳定和易实现分析自动化等优点。

自从Botestein等第一次提出DNA限制性片段长度多态性(RFLP)的相关概念后，PCR-RFLP法就在SNP的检测中被大量使用。应用此方法的前提是SNP的位点必须含有合适的限制性内切酶识别位点。利用限制性内切酶对目的片段进行切割，然后进行凝胶电泳分析，就能准确的鉴别SNP位点的基因型。

研究表明，PLAGL1与细胞周期有关，是一种生长抑制基因，参与细胞凋亡、细胞周期停滞。同时，它被证实是一种1型垂体腺苷酸环化酶激活多肽受体的转录调节因子，可能参与对于胰腺生长的调节。目前，国内外对PLAGL1基因多态性的研究主要集中于其与新生儿糖尿病、肿瘤等的关联性研究，而对于家畜PLAGL1基因单核苷酸多态性的研究尚未见报道。

发明内容

本发明的目的在于提供一种PLAGL1基因SNP标记辅助快速检测黄牛生长性状的方法及其应用。

为达到上述目的，本发明采用了以下技术方案：

一种黄牛PLAGL1基因SNP的检测方法，包括以下步骤：

以黄牛基因组DNA为模板，以引物对P为引物，PCR扩增黄牛PLAGL1基因部分片段，将PCR扩增产物经限制性内切酶NdeI消化后，进行琼脂糖凝胶电泳，根据电泳结果鉴定黄牛PLAGL1基因第95141位(参考序列为NC_037336.1)SNP位点的基因型；

优选的，所述引物对P的序列为：

上游引物F：5'-CAGAGGCAAGTCCTCAAGCA-3'；

下游引物R：5'-CTCACCGGTGTGCTTACTGT-3'。

优选的，所述PCR扩增的反应程序为：94℃预变性5min；94℃变性30s，58℃退火30s，72℃延伸50s，共32个循环；72℃延伸5min。

优选的，所述琼脂糖凝胶电泳使用的是质量浓度3％的琼脂糖凝胶。

优选的，所述黄牛PLAGL1基因第95141位SNP位点的基因型的电泳结果为：TT基因型表现为821bp一条条带；TC基因型表现为821bp、742bp和79bp三条条带；CC基因型表现为742bp和79bp两条条带。

上述黄牛PLAGL1基因SNP的检测方法在黄牛分子标记辅助选择育种中的应用。