[发明专利]一种鉴定区分龙眼属及其近缘属植物的分子标记及方法

说明书

本发明公开了一种鉴定区分龙眼属及其近缘属植物的分子标记及方法，属于植物种质资源的分类鉴定技术领域。本发明以龙眼EST‑SSR标记作为分子标记，提取龙眼属及其近缘属植物的基因组DNA，利用9对通用性EST‑SSR引物进行PCR扩增，扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，读取图谱条带，建立0/1数据矩阵，计算遗传相似系数，进行聚类分析。本发明的通用性EST‑SSR引物，弥补了无患子科内通用性SSR标记的匮乏，为该科植物的分类研究提供有效标记；提供的EST‑SSR标记能够准确有效地区分龙眼属及其4个近缘属植物，具有高度重复、带型整洁、操作简单等优点。

技术领域

本发明属于植物种质资源的分类鉴定技术领域，具体涉及一种鉴定区分龙眼属及其近缘属植物的分子标记及方法。

背景技术

无患子科植物约150属2000种（罗献瑞 等，1985），不少种类具有材用、食用、药用和能源供应等重要经济价值。一直以来，植物分类学家对无患子科的界定范围、科内分类群系统位置的处理存在分歧，例如科下分类存在2个亚科（Judd S et al., 1994）、4个亚科（Umadevi I et al., 1991）、不同的4个亚科（Harrington MG et al., 2005）以及5个亚科（Thorne RF et al., 2000）等数个观点。这些分类观点的依据大多为形态学、孢粉学、化石记录及化学成分，对分类者的经验要求高，且易受环境因素影响。DNA分子标记是DNA水平遗传变异的直接反映，可靠性高、信息量大、检测迅速，已在植物分类及系统进化研究中广泛应用，然而无患子科植物的分子标记研究仍相对薄弱；选择适合无患子科植物分类研究的分子标记并建立准确有效的鉴定区分方法具有重要的理论意义和应用价值。

SSR标记根据其来源可分为基因组SSR（gSSR）和表达序列标签SSR（EST-SSR或Genic SSR），具有高度重复、带型简单和共显性遗传等优点；其中EST-SSR标记因来源于相对保守的转录区域，具有较好的属内种间及属间通用性（Decroocq et al., 2003；Vendramin et al., 2007），可作为物种鉴定区分及系统发育研究的重要分子标记。目前无患子科内植物仅在荔枝属（傅嘉欣，2010；孙清明 等，2011）、龙眼属（洪仕南，2015；郭栋梁，2018）和文冠果属（刘玉林 等，2017）等少数几个属上见有SSR标记开发的报道。迄今为止，未见利用龙眼SSR标记鉴定区分龙眼属及其近缘属植物的文献报道和专利申请。

发明内容

为准确、有效地鉴定区分龙眼属及其近缘属植物，本发明利用龙眼EST-SSR标记提供一种鉴定区分龙眼属及其近缘属植物的分子标记及方法。

为实现上述目的，本发明提供的技术方案如下：

龙眼EST-SSR引物设计：基于龙眼新品种“香脆”果实不同发育阶段的EST序列数据，应用MISA软件检索SSR位点，利用Primer Premier 5.0软件批量设计EST-SSR引物，并随机合成不同重复类型的EST-SSR引物，进行PCR有效性验证和多态性分析。

通用性EST-SSR引物筛选：选择龙眼多态性EST-SSR引物，分析其在无患子属、韶子属、荔枝属和龙荔属上的通用性，从中挑选出带型清晰、多态性优的通用性EST-SSR引物9对，即LYP1-42、LYP2-8、LYP2-11、LYP2-23、LYP3-22、LYP4-3、LYP4-19、LYP4-22、LYP5-8。

用于鉴定区分龙眼属及其近缘属属间材料的9对通用性EST-SSR引物如表1所示。

表1 通用性EST-SSR引物序列

一种鉴定区分龙眼属及其近缘属植物的方法，包括如下步骤：

（1）基因组DNA提取：提取无患子科(Sapindaceae)中龙眼属、无患子属、韶子属、荔枝属和龙荔属共5个属种质材料的基因组DNA；