[发明专利]检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的引物、试剂盒及其应用

说明书

本发明涉及检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的引物、试剂盒及其应用，属于生物育种技术领域。本发明的检测引物为：上游引物：P‑F:5′‑GACAGTAAGCTAGTGTAACCA‑3′；下游引物：P‑R:5′‑TTCTGTGATTCTGTGACAAGG‑3′。利用本发明的检测引物、试剂盒及检测方法发现鸡生长性状及屠体性状的差异和CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记有关，进而筛选生长状况良好的品种进行育种。本发明的indel复等位基因标记可用于鸡的辅助选择和分子育种，本发明建立的分子生物学方法大大提高了基因型的判定效率和准确性，而且方法简便，分型时间短，不需要测序和限制性内切酶，不需要特殊的仪器，成本低，易推广普及。该方法可以快速判定出不同体重性状的基因型，从而缩短育种时间，加快育种进程。

技术领域

本发明涉及一种检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的引物、试剂盒及其应用，属于生物育种技术领域。

背景技术

畜禽遗传资源是保护生物多样性、培育新品种、实现畜牧业可持续发展战略的重要生物资源。我国有丰富的地方鸡品种资源，如何对其评估、保护和选育是迫切需要解决的问题。目前，随着人们对畜禽生长环境的重视和饲料品质要求的提高，畜禽的生产性能得到了很大的提升，畜禽的肉质满足了人类稳定蛋白摄入的需要，成为了人类生活所必需的物质基础。但是，对家禽的不利选育又会导致某些优势基因型的丢失，因此借助现代分子标记在种质特性不改变的情况下提高地方畜禽品种的经济性状，从而进一步对畜禽遗传资源进行保护开发利用就显得尤为重要。

indel(insertion-deletion)，插入缺失标记，指的是两种亲本中在全基因组中的差异，相对另一个亲本而言，其中一个亲本的基因组中有一定数量的核苷酸插入或缺失。indel标记准确性高、稳定性好，分型系统简单，开始应用于动植物群体遗传分析、分子辅助育种、医学诊断等研究领域，有利于优良基因的进一步开发和利用。

细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂3(CDKN3)编码一种双特异性蛋白磷酸酶，属于Cip-Kip家族，参与细胞周期的调控。它已被证明是一种细胞周期依赖性激酶抑制剂，且与CDK2相互作用并阻止其活化。据报道，Cip-Kip家族在调节生物体的发育和分化方面发挥着极其重要的作用。然而，CDKN3基因在畜禽生长和胴体性状方面的研究较少，还没有关于鸡的基因多态性的相关报道。

发明内容

本发明提供一种用于检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的引物。该引物的扩增片段覆盖了鸡CDKN3基因启动子区5‘端起的第2-217位，从基因多态性上分析鸡群生长状况。

本发明还提供一种用于检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的试剂盒。该试剂盒包含上述检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的引物。

同时，本发明提供一种检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的方法。

本发明还提供一种利用鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记预测鸡群生长状况方面的应用。

最后，本发明提供一种鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记在鸡育种方面的应用。

为了实现上述目的，本发明所采用的技术方案是：

一种检测鸡CDKN3基因启动子区indel复等位基因标记的引物，所述引物的序列为：

P-F:5′-GACAGTAAGCTAGTGTAACCA-3′；

P-R:5′-TTCTGTGATTCTGTGACAAGG-3′。

上述引物序列根据鸡CDKN3基因序列设计，序列如SEQ ID NO.1所示，基因序列的NCBI GenBank登录号为NC_006092.5。上述引物可以采用现有技术中的常用方法设计，也可以根据检测方法的不同进行设计。