[发明专利]与黄瓜单性结实基因紧密连锁的InDel标记及其应用与引物

说明书

本发明属于基因工程技术领域。与黄瓜单性结实基因QTL紧密连锁的InDel标记，命名为Chr7InDel01。Chr7InDel01位于黄瓜第7号染色体4,108,811处。本发明还提供了一组用于检测上述与黄瓜单性结实基因相关的InDel标记的引物对。本发明还提供了上述Chr7InDel01在黄瓜强/弱单性结实性品种鉴定中的应用。本发明运用变异组学与群体遗传学的方法获得了与黄瓜单性结实基因紧密连锁的InDel标记，通过测序和设计引物的方法检测黄瓜基因型，根据基因型即可判断黄瓜单性结实的强弱，从而加速黄瓜强单性结实品种选育的进程。

技术领域

本发明属于基因工程及分子生物学领域，涉及一个与黄瓜单性结实基因紧密连锁的InDel标记。

背景技术

黄瓜是我国主要的蔬菜作物之一，种植面积和产量均居世界第一。在设施栽培条件下，少或无虫媒和低温弱光会导致黄瓜授粉受精不良，结实率低下，降低早熟栽培或反季节栽培应有的效益。单性结实是指其子房不经过授粉受精或别的刺激而发育成果实的现象，强单性结实性黄瓜品系在不良环境中也可以获得稳定的结实率，而且单性结实的果实因不受精而无籽，瓜瓤偏少，果肉较厚，口感比有籽黄瓜好很多，其商品价值也高。有研究表明，黄瓜种子的发育对茎蔓的生长和后续的坐果有强烈的抑制作用，这样会导致黄瓜的光合面积减少，产量降低。因此，强单性结实性的种质资源是黄瓜良种选育的重要基础。

关于黄瓜单性结实QTL及分子标记的分析工作一直是研究的热点领域。陈学好等(2008)发现了一个与黄瓜非单性结实基因遗传连锁距离为18.9 cM的ISSR分子标记；闫立英(2009)以全雌黄瓜单性结实自交系‘6401’和非单性结实自交系‘6429’为亲本建立F₂分离群体，用BSA方法构建单性结实和非单性结实近等基因池，用两池DNA筛选了 76个ISSR引物，在单性结实池中扩增出一条分子量约为470bp的特异条带。经F₂单株验证，该特异条带能在大多数单性结实单株中稳定出现。用MapMaker3.0软件进行连锁分析表明，该特异带与黄瓜单性结实性存在连锁关系，遗传距离为22.5cM，将连锁标记命名为161470；王鱼等（2011）使用全雌黄瓜单性结实自交系‘6401’和非单性结实自交系‘6429’为亲本建立F₂分离群体，用BSA方法构建了单性结实和非单性结实基因池，对共386对SSR引物进行了多态性筛选。对表现多态性的SSR引物在F₂群体中进行验证，发现引物SSR22338是与单性结实QTL位点连锁的标记；武喆等（2015）综合重测序、SSR标记、转录组及qRT-PCR研究表明，黄瓜2号染色体上一个QTL区域可能与单性结实性状相关，其中五个基因被初步认定为是候选基因；Calvin D. Lietzow等（2016）在北美加工型黄瓜中利用SSR标记检测到6号和7号染色体上有3个稳定的QTLs。

发明内容

本发明提供了一个与黄瓜单性结实QTL紧密连锁的InDel标记及其应用与用于扩增上述InDel标记的引物对。本发明运用变异组学与群体遗传学的方法获得了与黄瓜单性结实基因紧密连锁的InDel标记，通过测序和设计引物的方法检测黄瓜基因型，根据基因型即可判断黄瓜单性结实的强弱，从而加速黄瓜强单性结实品种选育的进程。

本发明的第一个目的是提供一个与黄瓜单性结实QTL紧密连锁的InDel标记为Chr7InDel01，位于黄瓜第7号染色体4,108,811处。在双亲的Chr7InDel01处，父本（弱单性结实性黄瓜品系）有插入如下碱基：AAAATATTTACCAAAATTT，而母本（强单性结实性黄瓜品系）在此处的碱基仅为A。

本发明的第二个目的是提供一组用于检测上述与黄瓜单性结实基因相关的InDel标记的引物对，包括Chr7InDel01标记的上游引物5′-TGTTGTTGTTGCTATATGGGTAATG-3′，反向引物5′-CGATAATGACGTGGGTTGTG-3′。