[发明专利]一种疾病相关的菌群定量扩增方法

权利要求书

1.一种疾病相关的菌群定量扩增方法，其特征在于：包括以下步骤：

步骤1，根据疾病与菌种的潜在关系，确定需要检测的菌种类型；

步骤2，根据所确定的菌种，通过文献或者各种专业数据库查找相关菌种16S rDNA所对应的基因序列；

步骤3、锁定基因序列中菌种特异的可变区片段，并根据该可变区片段设计特异性的PCR引物，并检查PCR引物特异性；

步骤4，将提取的菌种DNA放入PCR反应管并加入反应物，并在合适的温度下进行荧光扩增反应，待反应结束后根据荧光扩增扩增反应的吸收曲线计算各菌种的含量。

2.根据权利要求1所述的疾病相关的菌群定量扩增方法，其特征在于：所述的PCR引物为DNA扩增时的引物对，是小的RNA片段。

3.根据权利要求1所述的疾病相关的菌群定量扩增方法，其特征在于：所述的反应物的水溶液中：

Mg^2+的浓度是1.5mmol/L、4种dNTPs浓度各200umol/L、Taq聚合酶的浓度是2.5umol/L。

4.根据权利要求1所述的疾病相关的菌群定量扩增方法，其特征在于：进行荧光扩增反应按照下面安排：

预变性温度是90－99℃，变性温度90－99℃，退火温度50－70℃，延伸温度为65－82℃。

5.根据权利要求4所述的疾病相关的菌群定量扩增方法，其特征在于：进行荧光扩增反应按照下面安排：预变性温度是95℃，变性温度95℃，退火温度60℃，延伸温度为72℃。

6.根据权利要求1所述的疾病相关的菌群定量扩增方法，其特征在于：根据荧光扩增扩增反应的吸收曲线计算各菌种的含量包括以下步骤：

首先需要制作荧光吸收的标准曲线，所述的荧光吸收的标准曲线为循环反应数的CT值与底物浓度的线性关系图；

然后用标准浓度的DNA稀释不同的连续梯度，将每个梯度设置3个平行放入PCR仪同时进行反应，反应结束读取反应检测值，根据检测值与浓度的变化确定标准曲线。

7.根据权利要求1所述的疾病相关的菌群定量扩增方法，其特征在于：确定需要检测的菌种类型时，通过检索相关疾病的文献资料，查找疾病与相关菌种的潜在关系，确定需要检测的菌种类型。