[发明专利]基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP-EP1

说明书

本发明提供了一种甲基化肿瘤标志物STAMP‑EP1及其应用，属于分子生物学领域。本发明提供了甲基化肿瘤标志物STAMP‑EP1在制备肿瘤诊断试剂中的应用。本发明所述肿瘤标志物STAMP‑EP1，在所有肿瘤类型中均高甲基化，对应的正常组织中均低甲基化，具有非常高的敏感性与特异性，检测所述STAMP‑EP1的引物可用于制备肿瘤诊断试剂盒。

技术领域

本发明属于疾病诊断标记物领域，更具体地，本发明涉及基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP(Specific Tumor Aligned Methylation of Pan-cancer)。

背景技术

肿瘤的发生发展是一个复杂、多层面、多因素的动态过程，包含了外界环境、遗传学变异以及表观遗传学改变等多种因素错综复杂的相互作用。外界环境因素包括物理化学生物等致癌因素以及不健康的生活习惯等，遗传学变异包括基因突变、拷贝数变化、染色体错位等，表观遗传学改变主要包括DNA甲基化、组蛋白修饰、非编码RNA等因素。在肿瘤的发生发展过程中，环境因素、遗传学因素以及表观遗传学因素相辅相成，共同作用，导致一系列抑癌基因的失活以及原癌基因的激活，进而导致肿瘤。在肿瘤的发展过程中，虽然三种因素皆贯穿其中，互相作用。目前肿瘤问题对于人类来讲还面临诸多挑战，尽管近年来新的手术方法以及靶向治疗、免疫治疗等方面取得了一些喜人的进展，但是人们对肿瘤的认识还存在许多误区，肿瘤的转移、复发、异质性、耐药性等等重大问题都急需解决。

人体的肿瘤有很多种，大部分组织都有肿瘤的发生，而不同类型的肿瘤又分为诸多的亚型，尤其是近年来得益于肿瘤分子生物学领域的发展，肿瘤的分类更加细化。对于不同类型、不同分期或不同分子亚型的肿瘤，其治疗方案也截然不同。

随着人们对肿瘤认识的加深以及科学技术的进步，许多新型的肿瘤标记物被发现并用于临床诊断。1980年之前，肿瘤标记物主要是一些激素、酶类、蛋白质等细胞分泌物，例如癌胚抗原(CEA)、甲胎抗原(AFP)等可以作为胃癌和肝癌等多种肿瘤的标记物，糖类抗原125(CA125)可以作为宫颈癌的标记物，前列腺特异性抗原(PSA)可作为前列腺癌标记物，目前这一类肿瘤标记物虽然临床仍在用，但其敏感性与准确性已难以满足临床需求。

液体活检技术是以血中循环肿瘤细胞或循环肿瘤DNA为检测靶标对肿瘤进行诊断和预测的技术。该技术目前还处于起步阶段，存在诸多不足：首先，敏感性与特异性不够高，肿瘤本身有很大的异质性，包含多种亚型的细胞群，而临床样本尤其是血液样本，肿瘤DNA所占比例非常小，现有的肿瘤标记物难以满足临床要求的敏感性，在临床容易造成误诊；其次，一种标记物只针对一种或少数几种肿瘤有较好效果，而血液中的DNA来源非常复杂，因此现有的肿瘤标记物无法应对复杂的肿瘤来源、转移等问题。由于这些复杂情况的存在，使得很多DNA甲基化肿瘤标记物在应用于临床时难以有统一的使用标准，严重影响标记物的敏感度以及准确性。人体的肿瘤既有特性又有共性，如果能找到一种不同肿瘤共同的标记物，对于肿瘤的筛查、诊断、治疗以及疗效判定等等方面意义重大。

因此，肿瘤诊断领域亟待开发具有普适性的，易于判断且准确性高的新型肿瘤标志物。

发明内容

本发明的目的在于提供以DNA甲基化修饰作为肿瘤标记物，利用肿瘤中特异性位点异常高甲基化现象来检测肿瘤的方法。

在本发明的第一方面，提供分离的多核苷酸，包括：(a)SEQ ID NO:1所示核苷酸序列的多核苷酸；(b)(a)的多核苷酸的片段，且其中存在至少1个修饰的CpG位点(如2～178个，更具体如3，5，10，15，20，25，30，50，60，80，100，120，150个)；和/或(c)与上述(a)或(b)的多核苷酸或片段互补的核酸(如SEQ ID NO:3所示核苷酸序列的多核苷酸)。

在一个优选例中，所述修饰包括5-甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-醛甲基化修饰或5-羧甲基化修饰。