[发明专利]基于甲基化修饰的肿瘤标记物STAMP-EP1

权利要求书

1.分离的多核苷酸片段在制备肿瘤的检测试剂或试剂盒中的用途，所述的多核苷酸片段是由引物SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14扩增重亚硫酸盐处理后人基因组DNA获得的片段；其中，所述肿瘤选自：肺癌、结直肠癌、胃癌、宫颈癌、肝癌、乳腺癌、胰腺癌、头颈部癌、胆囊癌、白血病、肾癌、膀胱癌。

2.如权利要求1所述的用途，其特征在于，所述肿瘤的样本包括：石蜡包埋样本、血液样本、胸腔积液样本以及肺泡灌洗液样本、腹水及灌洗液样本、胆汁样本、粪便样本、尿液样本、唾液样本、痰液样本、脑脊液样本、细胞涂片样本、宫颈刮片或刷片样本、组织及细胞活检样本。

3.一种制备肿瘤检测试剂的方法，其特征在于，所述方法包括：提供多核苷酸片段，以所述多核苷酸片段作为靶序列，设计特异性检测该靶序列的CpG位点修饰情况的检测试剂；其中，所述的靶序列中存在修饰的CpG位点；所述的多核苷酸片段是由引物SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14扩增重亚硫酸盐处理后人基因组DNA获得的片段。

4.如权利要求3所述的方法，其特征在于，所述的检测试剂包括：引物，探针。

5.试剂或组合的试剂，其特征在于，其特异性检测靶序列的CpG位点修饰情况，所述的靶序列是由引物SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14扩增重亚硫酸盐处理后人基因组DNA获得的片段，其中存在修饰的CpG位点。

6.如权利要求5所述的试剂或组合的试剂，其特征在于，所述的试剂或组合的试剂针对包含所述靶序列的基因序列，包括：引物或探针。

7.如权利要求6所述的试剂或组合的试剂，其特征在于，所述的引物为：SEQ ID NO:13和14所示的引物。

8.权利要求5～7任一所述的试剂或组合的试剂的用途，用于制备检测肿瘤的试剂盒；其中，所述肿瘤选自：肺癌、结直肠癌、胃癌、宫颈癌、肝癌、乳腺癌、胰腺癌、头颈部癌、胆囊癌、白血病、肾癌、膀胱癌。

9.一种检测试剂盒，其特征在于，其包括：

容器，以及位于容器中的权利要求5～7任一所述的试剂或试剂组合。

10.一种体外检测样品的甲基化谱式的方法，所述方法不是诊断性的方法，其特征在于，包括：

(i)提供样品，提取核酸；

(ii)检测(i)的核酸中靶序列的CpG位点修饰情况，所述的靶序列是由引物SEQ ID NO:13和SEQ ID NO:14扩增重亚硫酸盐处理后人基因组DNA获得的片段。

11.如权利要求10所述的方法，其特征在于，步骤(3)中，分析的方法包括：焦磷酸测序法、重亚硫酸盐转化测序法、甲基化芯片法、qPCR法、数字PCR法、二代测序法、三代测序法、全基因组甲基化测序法、DNA富集检测法、简化亚硫酸氢盐测序技术、HPLC法、MassArray、甲基化特异PCR、或它们的组合以及SEQ ID NO.1所示序列中部分或全部甲基化位点的组合基因群组体外检测方法及体内示踪检测方法。

12.如权利要求10所述的方法，其特征在于，步骤(ii)包括：

(1)对(i)的产物进行处理，使其中未发生修饰的胞嘧啶转化为尿嘧啶

(2)分析经(1)处理的核酸中所述的靶序列的修饰情况。

13.如权利要求12所述的方法，其特征在于，所述修饰包括5-甲基化修饰、5-羟甲基化修饰、5-醛甲基化修饰或5-羧甲基化修饰。

14.如权利要求13所述的方法，其特征在于，利用亚硫酸氢盐或重亚硫酸氢盐处理步骤(i)所述的核酸。