[发明专利]一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记及其应用

说明书

本发明公开了一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记及其应用。所述SNP分子标记位于黄瓜第4号染色体，关联区域在NCBI编号NC_026660.1的片段上，起始位置22.3Mb，终止位置23.1Mb，所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示，其中第51nt位点处的碱基r为A或G，该位点碱基为G的黄瓜表现为抗病，碱基为A的黄瓜表现为感病。本发明应用KASP技术对所找到的SNP分子标记进行基因分型，可以快速、准确的检测黄瓜对白粉病的抗性，大幅提高遗传转育效率。且检测过程不需要酶切、电泳及测序等，便于操作，利于高通量快速检测，彻底杜绝了PCR产物的气溶胶污染和EB对环境的污染，以及对人体的危害。

技术领域

本发明属于SNP分子标记技术领域，具体涉及一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记及其应用。

背景技术

传统系谱法选育方法是黄瓜育种家们普遍采用的育种方法，通过育种家们多年的努力，培养和创制了大量的优质、高产和抗病的黄瓜新品种。然而，结合表型鉴定的传统育种模式存在表型把控不准、遗传群体需求量大、人力成本高、育种周期长等缺陷，很难实现大规模商业化集成育种或是材料遗传育种的改良。伴随着分子生物学和生物信息学的发展，分子标记辅助育种选择(Molecular Assisted Selection,MAS)显示了巨大的技术优势，实现了遗传基础与目标现状的有效结合，选择含有目标基因的材料(单株)进行配组，实现了目标性状的精准改良，能有效回避传统育种方法的技术壁垒。

单个核苷酸变异(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)在物种的基因组上广泛存在，包括：单个碱基的转换或颠换、单个碱基(片段)插入或是缺失等形式，针对这些多态性位点逐步兴起了新一代的SNP分子标记技术。针对控制目标性状的基因开发功能SNP标记，将性状与基因型相关联，进而实现高效、精准育种。现阶段，适用于SNP标记的检测手段主要是凝胶电泳、荧光定量PCR和竞争性等位基因PCR(Kompetitive Allele SpecificPCR,KASP)。本发明所开发的标记适用于KASP方法检测SNP位点，该方法已经陆续应用于分子辅助育种、目标性状基因定位、种子纯度及真实性鉴定等工作，具有成本低、通量高、实验操作安全和荧光信号采集数据准确等优势。

白粉病(Powdery mildew，PM)俗称白毛，是一种广泛发生的世界性病害。病原菌主要通过气流传播，具有潜育期短、再侵染频繁、流行性强等特点。北方病菌以闭囊壳随病残体留在地上或温室、塑料大棚瓜类作物上越冬。南方病菌以菌丝或分生孢子在寄主上越冬或越夏，成为翌年初侵染源。在我国，春保护地和夏秋露地黄瓜每年都因白粉病的发生造成大量损失，白粉病能在整个黄瓜生育期发病，主要危害叶片，严重的危害茎蔓，特别是在生长中后期发病严重，使植株提早拉秧，造成严重减产。在上海及南方地区的保护地栽培中，这两种病的危害越来越严重。长期的阴雨潮湿栽培环境下，田间通风不良、光照不足、植株长势弱、湿度增高有利于病原白粉菌的大量发生。目前生产上主要是用药物防治的方法来防治病害的发生，但是污染环境，农药残留，影响果实品质，危及食品安全，同时增加种植户成本。长期施药又会对病原菌的生理小种产生抗性，从而增加防治难度，因此，只有培育抗白粉病的黄瓜品种，才能从根本上解决黄瓜无公害生产的问题。在育种过程中进行田间和室内鉴定费时费力，因此，开发适用于苗期高通量鉴定黄瓜植株与抗白粉病性状紧密连锁的SNP分子标记，有助于快速、有效地检测黄瓜对白粉病的抗性，有助于大规模的商业化分子育种，具有良好的应用前景和经济价值。

发明内容

本发明的目的是，提供一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记及其应用。

本发明为上述目的所采用的技术方案如下：