[发明专利]一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记及其应用有效

专利信息
申请号: 201810798871.0 申请日: 2018-07-19
公开(公告)号: CN108546778B 公开(公告)日: 2021-06-01
发明(设计)人: 张红梅;金海军;丁小涛;余纪柱;翟文 申请(专利权)人: 上海市农业科学院
主分类号: C12Q1/6895 分类号: C12Q1/6895;C12N15/11
代理公司: 上海硕力知识产权代理事务所(普通合伙) 31251 代理人: 刘红梅
地址: 201106 *** 国省代码: 上海;31
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摘要:
搜索关键词: 一种 用于 检测 黄瓜 白粉病 性状 snp 分子 标记 及其 应用
【权利要求书】:

1.一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记,其特征在于:所述SNP分子标记位于黄瓜第4号染色体,关联区域在NCBI编号NC_026660.1的片段上,起始位置22.3Mb,终止位置23.1Mb,所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示,其中第51nt位点处的碱基r为A或G,该位点碱基为G的黄瓜表现为抗病,碱基为A的黄瓜表现为感病。

2.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的特异性引物组合,其特征在于,包括:

(1)两条特异引物CS_K_040108X和CS_K_040108Y:引物CS_K_040108X的序列如SEQ IDNO.2所示,引物CS_K_040108Y的序列如SEQ ID NO.3所示;

(2)一条通用引物CS_K_040108C:其序列如SEQ ID NO.4所示。

3.权利要求2所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用。

4.根据权利要求3所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用,其特征在于,包括如下步骤:

(1)提取待测黄瓜基因组DNA;

(2)以黄瓜基因组DNA为模板,利用权利要求2所述的特异性引物组合进行KASP反应检测,在两条特异性引物CS_K_040108X和CS_K_040108Y的5’-端分别连接FAM-tail:5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’和VIC-tail:5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’通用荧光标签序列;

(3)检测黄瓜抗白粉病性状时,若只检测到引物CS_K_040108Y所连荧光序列对应的荧光信号,则待测黄瓜表现为抗白粉病;若只检测到引物CS_K_040108X所连荧光序列对应的荧光信号,则判定待测黄瓜为不抗病材料;若同时检测到两者荧光则判断黄瓜为抗白粉病的杂合型。

5.根据权利要求4所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用,其特征在于:选择检测到引物CS_K_040108Y所连荧光序列对应的荧光信号的黄瓜样品进行育种。

6.根据权利要求4所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用,其特征在于,步骤(2)中KASP检测中的PCR条件为:94℃15min;95℃20sec,65-56℃60sec,每个循环退火延伸温度降低0.8℃,共10个循环;94℃20sec,57℃60sec,共26个循环。

7.权利要求2所述的特异性引物组合用于检测所述SNP分子标记的方法,该方法为:

利用权利要求2所述的特异性引物组合对待检测黄瓜的基因组DNA进行KASP检测,在引物CS_K_040108X和引物CS_K_040108Y的5’-端分别连接不同的通用荧光标签序列;若只检测到引物CS_K_040108Y所连荧光序列对应的荧光信号,则待测黄瓜为抗白粉病材料,其基因型为G,若只检测到引物CS_K_040108X所连荧光序列的荧光信号,则判定待测黄瓜为不抗白粉病的材料,其基因型为A;若同时检测到两种荧光,则判定黄瓜样品为携带抗白粉病性状的杂合型。

8.包含权利要求2所述的特异性引物组合的试剂盒。

9.权利要求8所述的试剂盒在黄瓜种质资源改良中的应用。

10.权利要求8所述的试剂盒在培育抗白粉病黄瓜中的应用。

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