[发明专利]一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记及其应用有效
| 申请号: | 201810798871.0 | 申请日: | 2018-07-19 | 
| 公开(公告)号: | CN108546778B | 公开(公告)日: | 2021-06-01 | 
| 发明(设计)人: | 张红梅;金海军;丁小涛;余纪柱;翟文 | 申请(专利权)人: | 上海市农业科学院 | 
| 主分类号: | C12Q1/6895 | 分类号: | C12Q1/6895;C12N15/11 | 
| 代理公司: | 上海硕力知识产权代理事务所(普通合伙) 31251 | 代理人: | 刘红梅 | 
| 地址: | 201106 *** | 国省代码: | 上海;31 | 
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| 摘要: | |||
| 搜索关键词: | 一种 用于 检测 黄瓜 白粉病 性状 snp 分子 标记 及其 应用 | ||
1.一种用于检测黄瓜抗白粉病性状的SNP分子标记,其特征在于:所述SNP分子标记位于黄瓜第4号染色体,关联区域在NCBI编号NC_026660.1的片段上,起始位置22.3Mb,终止位置23.1Mb,所述SNP分子标记的序列如SEQ ID NO.1所示,其中第51nt位点处的碱基r为A或G,该位点碱基为G的黄瓜表现为抗病,碱基为A的黄瓜表现为感病。
2.用于检测权利要求1所述的SNP分子标记的特异性引物组合,其特征在于,包括:
(1)两条特异引物CS_K_040108X和CS_K_040108Y:引物CS_K_040108X的序列如SEQ IDNO.2所示,引物CS_K_040108Y的序列如SEQ ID NO.3所示;
(2)一条通用引物CS_K_040108C:其序列如SEQ ID NO.4所示。
3.权利要求2所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用。
4.根据权利要求3所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用,其特征在于,包括如下步骤:
(1)提取待测黄瓜基因组DNA;
(2)以黄瓜基因组DNA为模板,利用权利要求2所述的特异性引物组合进行KASP反应检测,在两条特异性引物CS_K_040108X和CS_K_040108Y的5’-端分别连接FAM-tail:5’-GAAGGTGACCAAGTTCATGCT-3’和VIC-tail:5’-GAAGGTCGGAGTCAACGGATT-3’通用荧光标签序列;
(3)检测黄瓜抗白粉病性状时,若只检测到引物CS_K_040108Y所连荧光序列对应的荧光信号,则待测黄瓜表现为抗白粉病;若只检测到引物CS_K_040108X所连荧光序列对应的荧光信号,则判定待测黄瓜为不抗病材料;若同时检测到两者荧光则判断黄瓜为抗白粉病的杂合型。
5.根据权利要求4所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用,其特征在于:选择检测到引物CS_K_040108Y所连荧光序列对应的荧光信号的黄瓜样品进行育种。
6.根据权利要求4所述的特异性引物组合在检测黄瓜品种抗白粉病性状中的应用,其特征在于,步骤(2)中KASP检测中的PCR条件为:94℃15min;95℃20sec,65-56℃60sec,每个循环退火延伸温度降低0.8℃,共10个循环;94℃20sec,57℃60sec,共26个循环。
7.权利要求2所述的特异性引物组合用于检测所述SNP分子标记的方法,该方法为:
利用权利要求2所述的特异性引物组合对待检测黄瓜的基因组DNA进行KASP检测,在引物CS_K_040108X和引物CS_K_040108Y的5’-端分别连接不同的通用荧光标签序列;若只检测到引物CS_K_040108Y所连荧光序列对应的荧光信号,则待测黄瓜为抗白粉病材料,其基因型为G,若只检测到引物CS_K_040108X所连荧光序列的荧光信号,则判定待测黄瓜为不抗白粉病的材料,其基因型为A;若同时检测到两种荧光,则判定黄瓜样品为携带抗白粉病性状的杂合型。
8.包含权利要求2所述的特异性引物组合的试剂盒。
9.权利要求8所述的试剂盒在黄瓜种质资源改良中的应用。
10.权利要求8所述的试剂盒在培育抗白粉病黄瓜中的应用。
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