[发明专利]胃肠癌的增生标签及预后

说明书

本发明涉及用于确定患者中癌症，特别是胃肠癌如胃癌或结直肠癌预后的方法和组合物。特别地，本发明涉及基于细胞增生标签使用遗传标志物预测癌症如胃癌或结直肠癌的预后。在多个方面，本发明涉及预测癌症患者长期存活可能性的方法，确定癌症患者治疗方案的方法，制作癌症患者个体化基因组学谱的方法等方法，以及用于执行这些方法的试剂盒和装置。

本申请是申请人于2008年10月6日提交的题为“胃肠癌的增生标签及预后”的中国专利申请200880119316.5的分案申请。

技术领域

本发明涉及确定患者的癌症，特别是胃肠癌预后的方法和组合物。具体地，本发明涉及基于细胞增生标签使用遗传标志物确定癌症如胃肠癌的预后。

发明背景

细胞增生是活生物最基本的过程，因此其被增生相关基因的表达水平精确调控(1)。丧失增生控制是癌症的标志，因此，与毗邻的正常组织相比，生长调控基因在肿瘤中异常表达并不让人感到诧异(2)。增生改变可伴随其他细胞性质的改变，如侵入和转移的能力，因此，能影响患者的结局。该相关性吸引了大量关注，已经进行了许多研究来开发肿瘤细胞增生作为潜在的结果指示因子。

通常通过流式细胞仪，或更一般地，在组织中通过增生标志物的免疫组化评价来评估细胞增生(3)。最广泛使用的增生标志物是Ki-67，其是在除静止期G₀外的所有细胞周期表达的蛋白(4)。通过使用Ki-67，已经在恶性肿瘤如乳腺癌、肺癌、软组织肿瘤和星细胞瘤中建立了周期细胞比例与临床结果间的清晰相关性(5)。在乳腺癌中，通过微阵列分析也已经确认了该相关性，这产生了已经用于鉴定患者的增生基因表达谱，该患者处于增加的复发风险(6)。

然而，增生指数(PI)在结直肠癌(CRC)中作为预后因子产生了相互矛盾的结果，因此不能在临床环境中应用(参见下文)。研究随患者选择、取样方法、截止点水平、抗体选择、染色技术及收集和解释数据的方式而变化。方法差异和这些研究的异质性可部分解释相互矛盾的结果(7)，(8)。Ki-67作为增生标记的用途也具有局限性。Ki-67PI评价了活性周期细胞的比例，但没有给出细胞周期长度的说明(3)，(9)。因此，由于不同的周期速度，具有相似PI的肿瘤可能以不同的速率生长。此外，当Ki-67mRNA在静止期细胞中不生产时，在部分结直肠肿瘤中仍可检测到蛋白，这导致高估的增生速率(10)。

因为使用单个增生标志物评估预后在CRC中显得不可靠(参见下文)，需要其他工具来预测胃肠癌的预后。本发明基于癌症预后标志物，特别是胃肠癌预后标志物提供了其他方法和组合物以帮助癌症的预后和治疗。

发明概述

在本发明的一个方面，使用微阵列来鉴定为癌症细胞提供增生标签的基因。这些基因及其编码的蛋白质在本文称为胃肠癌增生标志物(GCPM)。在本发明的一个方面，预后的癌症是胃肠癌，特别是胃癌或结直肠癌。

在个别的方面，本发明包括通过鉴定样品中至少一种GCPM表达水平测定癌症预后的方法。所选GCPM编码与细胞增生有关的蛋白质，例如细胞周期组分。这些GCPM在确定基于预后的特定癌症的最好治疗方案的方法中具有附加用途。在个别的方面，与复发型肿瘤组织相比，非复发型肿瘤组织中GCPM水平较高。可单独使用，或彼此或与其他已知癌症标志物组合使用这些标志物。

在其他方面，本发明包括测定癌症预后的方法，其包括：(a)提供癌症样品；(b)检测样品中至少一种GCPM家族成员的表达水平；及(c)测定癌症预后。

在另一个方面，本发明包括测定至少一种GCPM RNA，例如至少一种mRNA表达水平的步骤。在另一个方面，本发明包括检测至少一种GCPM蛋白表达水平的步骤。在另一个方面，本发明包括检测至少一种GCPM肽水平的步骤。在另一个方面，本发明包括检测样品中至少一种GCPM家族成员表达水平的步骤。在另一个方面，GCPM是与细胞增生相关的基因，如细胞周期成分。在其他方面，至少一种GCPM选自本文表A、表B、表C或表D。