[发明专利]一种GII.8型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法

说明书

本发明公开了一种GII.8型诺如病毒基因组的扩增引物和扩增方法。本发明针对GII.8型诺如病毒基因组特征采用了“4+1+1”的分段扩增策略，在保守区域设计了六组扩增引物和两条基因组末端测序引物，以目标病毒RNA为模板进行RT‑PCR扩增与测序，再通过拼接比对，获得GII.8型诺如病毒基因组序列。将该扩增方法应用于实际检出样本，成功获得我国来源的GII.8型诺如病毒基因组序列。本发明方法具有操作简单、周期短、易推广等优点，可广泛应用于医疗卫生、检验检疫等具有诺如病毒检测需求及相应的科研领域。

技术领域：

本发明属于生物技术领域，具体涉及一种GII.8型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法。

背景技术：

诺如病毒是全球急性胃肠炎的重要非细菌性病原，可感染各年龄段人群。诺如病毒感染属于自限性疾病，一般72小时内患者就会自愈，然而对于婴幼儿、老人及免疫缺陷人群会具有脱水性死亡的危险。此外，诺如病毒极易引起疫情暴发，在学校、医院、养老院、大型轮船等半封闭环境，24内就会感染其中所有易感人群。据报道，该病毒每年造成约2.3亿人次感染，在发达国家每年需花费数十亿美元用于相关治疗，而在发展中国家尤为严重，至少导致20万例5岁以下儿童的死亡。诺如病毒对公共卫生安全造成了极大的威胁，但至目前为止，还没有有效的抗病毒药物及治疗手段。

作为RNA病毒，诺如病毒具有丰富的遗传多样性，根据其衣壳蛋白VP1的氨基酸序列，可以被分为六个基因组(Genogroup)GI-GVI，其中GI、GII和GVI可以感染人类。同一基因组内的诺如病毒还可以进一步分成不同的基因型，例如GI包括了至少9种基因型，GII包括了22种基因型。GII.4型诺如病毒是全球的主要流行基因型，约80％的诺如病毒感染是由该型别毒株引起的。然而，其他基因型也在病毒监测过程中被发现，例如GII.2型、GII.3型、GII.6型、GII.8型等，并且还会导致疫情的暴发。然而这些非主要流行基因型仍较少关注，因此，加强不同基因型诺如病毒的信息收集工作具有重要意义。

GII.8型诺如病毒是流行病学研究中常见的非主要流行基因型之一，它最早报道于1967年的日本，此后在荷兰、土耳其、韩国、新西兰、巴西、喀麦隆等多个国家均有发现。同时，GII.8型诺如病毒在我国临床监测中往往以低感染率被检出，主要在广东、江苏等地。此外，GII.8基因型也在牡蛎、地表水监测中被发现。然而，目前该基因型已报道的基因组信息仅一条(AB039780|U25)，该毒株是于1997年发现于日本，而完整的衣壳蛋白VP1序列也仅有3条。病毒遗传信息的积累是深入研究病毒致病及进化机制的重要基础，因此开展病毒基因组扩增与测序方法具有重要意义。

作为极易变异的RNA病毒，持续监测病毒的流行水平及变异情况是认识诺如病毒的重要基础。GII诺如病毒的基因组长约7.5kb，包括3个开放阅读框。我们前期工作中针对GII.4型、GII.17型诺如病毒以及GII.P12/GII.3重组型诺如病毒建立的“4+1+1”扩增策略具有操作简单、周期短、成本低以及灵敏度高的特点，因此，根据这种新颖的扩增策略，我们研发了一种针对GII.8型诺如病毒的基因组扩增引物和扩增方法，为积累我国GII.8型诺如病毒基因组资源提供了一个有力的研究工具。

发明内容：

本发明的目的是提供一种GII.8型诺如病毒基因组扩增引物和扩增方法。

具体地，本发明提供的GII.8型诺如病毒基因组的扩增引物，包括六对扩增引物和两条基因组末端的测序引物：

引物对1：II-1F：5'-GTGAATGAAGATGGCGTCTAAC-3'；

II.8-1R：5'-CTGTAGGCATCCCAGTGATC-3'；

引物对2：II.8-2F：5'-TCATCTTCGCCTGACATCGT-3'；

II.8-2R：5'-TCCTCTTCACAGAAGTTCTC-3'；